基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

人类exTregs鉴定为CD16+CD56+细胞毒性CD4+ T细胞

PRJNA896569 是一个以“Identification of human exTregs as CD16+CD56+ cytotoxic CD4+ T cells”为主题的生物项目记录，归属于 NCBI BioProject 数据库。该记录围绕一项单一研究计划组织，汇集了由单一机构或联盟发起并产生的多种类型生物数据，并通过统一入口提供指向该项目所生成各类数据的链接。从本站分类看，它被归入免疫系统疾病 / 其他类别；从主题标签看，其数据类型与转录组或基因表达相关。整体而言，这一记录为研究者定位和获取该特定项目下的生物数据提供了集中入口，便于围绕人类 exTregs 的鉴定及其细胞毒性 CD4+ T 细胞特征开展后续分析。

【数据集背景】

该数据集对应一项以人类 exTregs 鉴定为核心的研究计划，标题明确指出其关注的是将人类 exTregs 识别为 CD16+CD56+ 细胞毒性 CD4+ T 细胞。BioProject 的设计初衷是汇集与单一研究计划相关的生物数据，这些数据来自单一机构或联盟，并让用户能够在一个统一位置找到该项目产生的多种数据类型。因此，PRJNA896569 并非单一实验的零散结果，而是围绕上述研究目标组织起来的项目级记录，其背景与免疫系统疾病领域中对 T 细胞亚群、调节性 T 细胞衍生群体及细胞毒性 CD4+ T 细胞的研究需求相关。

【数据内容】

该记录的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其涉及的数据类型与转录组或基因表达相关。BioProject 记录本身提供的是项目级入口，用于链接到该项目产生的各类数据，而非仅呈现单一数据表。源站描述指出，一个 BioProject 记录为用户提供单一位置，以查找为该项目生成的多种数据类型。因此，PRJNA896569 的数据内容应理解为围绕该研究计划所生成的转录组或基因表达相关数据集合，并通过 BioProject 的统一入口进行组织和访问。除上述主题标签和项目级描述外，源站未提供更细粒度的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI 的 BioProject 数据库。其记录标识为 PRJNA896569，源站标题为“Identification of human exTregs as CD16+CD56+ cyto... (ID 896569) - BioProject - NCBI”。根据 BioProject 的一般定义，该项目记录源自单一机构或联盟发起的单一研究计划。本站将其分类为免疫系统疾病 / 其他。除来源站、记录标识和项目标题外，源站未提供具体的样本采集方式、实验平台、组织来源或受试者信息。

【适用场景】

该数据集适用于需要定位和获取与“人类 exTregs 鉴定为 CD16+CD56+ 细胞毒性 CD4+ T 细胞”相关生物数据的场景。由于主题标签为转录组或基因表达，它可用于围绕该研究计划查找基因表达或转录组层面的数据入口。同时，由于 BioProject 提供统一入口链接到项目产生的多种数据类型，该记录也适用于需要从项目层面整体了解数据构成、并进一步跳转至具体数据资源的研究工作。其免疫系统疾病分类提示该数据可能与免疫相关疾病或免疫细胞亚群研究相关，但源站未提供具体疾病关联或临床适用场景。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，利用其统一入口查找该项目产生的各类数据链接。BioProject 记录的作用是提供单一位置以发现与该项目相关的多种数据类型，因此使用时应先通过项目记录了解数据组织方式，再根据主题标签“Transcriptome or Gene expression”定位到转录组或基因表达相关数据。本站分类“免疫系统疾病 / 其他”可作为检索或归类参考。除上述访问路径和项目级入口说明外，源站未提供具体的数据下载方式、分析流程或软件工具说明。

【质量与限制】

该记录为 BioProject 项目级记录，其质量与限制取决于源站所提供的信息范围。源站描述仅说明 BioProject 是汇集单一研究计划相关生物数据的集合，并提供统一入口链接到多种数据类型，未提供该数据集的具体质量指标、数据完整性评估或技术验证信息。主题标签仅标明“Transcriptome or Gene expression”，未说明样本量、测序深度、覆盖度或数据质控结果。本站分类为免疫系统疾病 / 其他，属于归类信息，不构成对数据质量的评价。因此，使用该数据集时应注意其项目级入口性质，具体数据质量需在访问链接后的具体数据资源中进一步确认。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库，记录标识为 PRJNA896569。源站标题为“Identification of human exTregs as CD16+CD56+ cyto... (ID 896569) - BioProject - NCBI”。关于引用方式、许可条款或使用限制，源站未提供具体说明。使用者应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的相关政策，并在引用时参考源站记录信息。除来源站和记录标识外，源站未提供具体的引用格式、许可类型或数据使用协议。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE217010

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA896569

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在诸如动脉粥样硬化这类伴有自身免疫成分的慢性炎症性疾病中，一些调节性T细胞（Tregs）会丧失其调节功能，转变为exTregs。本研究旨在识别人类exTregs特有的表面标志物，采用从分选的小鼠exTregs bulk RNA测序到结合CITE-Seq的人类单细胞RNA测序的综合方法，以分选人类exTregs并通过转录组和功能对其进行表征。我们将诱导型Treg谱系追踪小鼠（FoxP3-eGFP-Cre-ERT2 ROSA26CAG-fl-stop-fl-tdTomato）与易患动脉粥样硬化的Apoe -/- 小鼠杂交，从重复实验小鼠的淋巴结和脾脏中分选Tregs和exTregs，并通过bulk RNA测序（RNA-Seq）确定其转录组。支持向量机（SVM）方法确定了exTregs的主要特征基因，包括CST7、NKG7、GZMA、PRF1、TBX21和CCL4。将这些基因映射到来自61名有或无动脉粥样硬化受试者的人类PBMC单细胞（sc）RNA-Seq与CITE-Seq的特征图谱上，结果显示CST7、NKG7、GZMA、PRF1、TBX21和CCL4映射到表达CD56和CD16的CD4 T细胞。这一发现在第二个独立的scRNA-和CITE-Seq数据集中得到了验证。

即使在健康志愿者中，也有一小部分CD4 T细胞同时表达CD56和CD16。批量RNA测序将这些细胞鉴定为细胞毒性CD4 T细胞，并在细胞杀伤实验中得到了功能验证。TCRβ的DNA测序显示，CD16+CD56+ exTregs中Treg CDR3序列发生了克隆扩增。综上所述，我们将小鼠和人类的exTregs鉴定为细胞毒性CD4 T细胞。总体设计：对来自Mus musculus和Homo sapiens的分选细胞进行低输入批量RNA测序

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别