PRJNA595579：系统性红斑狼疮中性粒细胞多样性的转录组、表观遗传与功能分析 [scRNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA595579

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

根据不同的基因表达模式、转录和表观遗传特征以及功能，定义了低密度粒细胞（LGDs）的两个亚群。本研究为狼疮的免疫失调机制和血管损伤特征提供了见解。总体设计：该数据集包含3个scRNA样本，属于超级系列GSE139360。通过mRNA测序、单细胞RNA测序和转座酶可及性染色质测序，对狼疮外周血单个核细胞（PBMCs）、低密度粒细胞（LDGs）、自体正常密度中性粒细胞（NDN）和健康对照（HC）中性粒细胞进行了转录组学和表观遗传学评估。比较了各亚群之间的NET形成、趋化性、吞噬作用、脱颗粒、诱导内皮功能障碍和氧化核酸释放。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。