基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

人类外周血单个核细胞多种体外免疫刺激的单细胞转录组整合图谱

该数据集为 NCBI BioProject 收录的人类外周血单个核细胞（PBMC）单细胞转录组整合图谱，项目编号为 1452975，英文名称为“Integrated single-cell transcriptomic profiling of human peripheral blood mononuclear cells across diverse in vitro immune stimuli”。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，在本站被归类于“免疫系统疾病 / 其他”。该数据集的核心内容围绕人类外周血单个核细胞在多种体外免疫刺激条件下的单细胞转录组特征展开，旨在通过整合分析呈现不同刺激条件对 PBMC 转录状态的影响。数据来源为 ncbi.nlm.nih.gov，属于生物项目（BioProject）类型的资源记录，用户可通过该记录获取与该项目相关的多种数据类型链接。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式，用于汇集与某一项研究计划相关的生物学数据。根据源站描述，一个 BioProject 可以源自单一组织或联盟，其记录为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集所对应的 BioProject 编号为 1452975，聚焦于人类外周血单个核细胞在体外免疫刺激条件下的单细胞转录组分析。此类资源通常用于支撑免疫学、转录组学以及单细胞水平上的基因表达研究，帮助研究者理解不同免疫刺激如何影响 PBMC 的细胞状态与转录程序。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容主要涉及转录组或基因表达信息。具体而言，该数据集被描述为人类外周血单个核细胞（PBMC）的单细胞转录组整合图谱，覆盖多种体外免疫刺激条件。这意味着数据可能包含在多种不同免疫刺激条件下对 PBMC 进行单细胞转录组测序后整合得到的结果。不过，关于样本数量、测序平台、具体刺激条件种类、细胞类型组成、基因数量、数据文件格式等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的一条记录，项目编号为 1452975。源站描述指出，BioProject 记录汇集了与单一研究计划相关的生物学数据，这些数据可能来自单一组织或联盟。该记录本身并不直接提供所有原始数据文件，而是作为导航入口，链接到该项目生成的不同数据类型。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、受试者人口学特征等，源站未提供。

【适用场景】

基于该数据集的主题标签和描述，其适用场景可能包括：免疫学研究中探索不同体外免疫刺激对 PBMC 转录组的影响；单细胞转录组数据分析方法开发与基准测试；基因表达调控研究；以及免疫系统疾病相关的基础研究。由于该数据集被本站归类为“免疫系统疾病 / 其他”，它也可能用于与免疫系统疾病相关的比较分析或机制探索。然而，具体的适用场景需结合源站提供的完整数据与元数据加以判断，源站未提供明确的适用场景说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1452975）访问该数据集。BioProject 记录提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此获取相应的数据文件或进一步跳转至相关数据库。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具推荐、数据处理步骤等，源站未提供。因此，使用方法需依据用户自身的研究需求以及 NCBI 平台的一般使用规范进行。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录，其质量与限制取决于源站所提供的数据与元数据完整程度。源站描述仅说明了 BioProject 的一般性质，未提供该数据集的具体质量控制指标、数据完整性评估、批次效应处理情况、细胞过滤标准、测序深度、覆盖率等信息。此外，关于该数据集是否存在样本量不足、刺激条件覆盖不全、整合方法偏差等限制，源站未提供。因此，用户在使用时应自行评估数据适用性。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 记录页面中可能附带的引用要求与使用条款，或联系数据提交者获取进一步信息。由于源站未提供具体许可条款，无法确认该数据集是否允许再分发、商业使用或修改。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE327907

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1452975

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

来自健康供体的人外周血单个核细胞（PBMCs）在体外用一组常用免疫刺激物刺激，并通过单细胞RNA测序进行分析。所得数据集包含跨多个供体和刺激条件的PBMCs单细胞转录组图谱。该资源使得能够跨免疫细胞群体和刺激条件进行基因表达的对比分析，并为与疾病相关免疫特征的比较提供参考。总体设计：从健康人供体分离的外周血单个核细胞在体外暴露于一组常用免疫刺激物48小时，同时设置未刺激对照。刺激后，使用组合条形码策略对细胞进行单细胞RNA测序处理。生物样本在文库制备过程中进行多重标记，并作为混合子文库测序。单细胞转录组跨供体、条件和批次进行整合，以便对细胞类型特异性反应进行对比分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别