PRJNA1398814：转录组和蛋白质组分析显示肥大细胞ST2在原发性巴西日圆线虫感染中作用极小

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数据说明

IL-33/ST2通路作为抗蠕虫感染的2型免疫反应的一部分至关重要。肥大细胞在任何免疫细胞中表达最高水平的IL-33受体亚单位ST2，且肥大细胞能介导2型免疫炎症，然而IL-33驱动的肥大细胞反应在蠕虫感染中的作用尚不清楚。我们旨在通过生成肥大细胞条件性ST2敲除（MCPT5Cre x ST2f/f，cKO）小鼠，来确定在Heligmosomoides polygyrus bakeri（Hpb）感染期间肥大细胞ST2表达的作用。这些小鼠在稳态时肥大细胞频率正常，但显示出肥大细胞上ST2表达的特异且强烈（尽管不完全）的敲低。Hpb感染后，cKO与同窝对照组之间的粪便虫卵和成虫负荷相似，肥大细胞脱颗粒标志物、血清IgE和杯状细胞增生也相似。因此，我们得出结论，肥大细胞ST2在Hpb感染中并未发挥主导作用。为进一步探究cKO和同窝对照组对感染的免疫反应，我们评估了感染与未感染小鼠在cKO和对照组十二指肠组织中的转录组和蛋白质组变化。

在基因型之间观察到转录组和蛋白质组的微小变化，而无论基因型如何，在未感染和感染小鼠之间均观察到显著变化。Hpb感染诱导了局部转录和蛋白质水平的增加，包括肥大细胞蛋白酶（MCPT1和MCPT2）、抵抗素样分子（RELMα和RELMβ），以及磷脂酶PLA2G4C和成孔蛋白gasdermin C等标志物。 bulk蛋白质组分析还针对Hpb基因组进行了搜索，以鉴定十二指肠组织中存在的Hpb蛋白。在感染的十二指肠样本中鉴定出60种感兴趣的Hpb蛋白，其中18种含有信号肽，并存在于Hpb的排泄/分泌产物（HES）中（可能是包括免疫调节蛋白在内的分泌产物）；28种蛋白存在于

数据加载示例（图像类）

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import glob, os

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       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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