PRJNA1264965：原代人T细胞遗传与表观遗传筛选将候选因果自身免疫变异关联至T细胞网络 [MPRA]
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1264965），主题为在原代人 T 细胞中开展遗传与表观遗传筛选，将候选因果自身免疫变异关联到 T 细胞调控网络，包含 MPRA 相关数据
![PRJNA1264965: Genetic and epigenetic screens in primary human T cells link candidate causal autoimmune variants to T cell networks [MPRA]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/86862.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1264965：原代人T细胞遗传与表观遗传筛选将候选因果自身免疫变异关联至T细胞网络 [MPRA]
该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 1264965，英文标题为“Genetic and epigenetic screens in primary human T cells link candidate causal autoimmune variants to T cell networks [MPRA]”。从标题与主题标签来看，该项目围绕原代人 T 细胞中的遗传与表观遗传筛选展开，目标是将候选因果自身免疫变异与 T 细胞调控网络建立联系，并包含 MPRA 相关数据。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在为同一项研究计划所产生的多种数据类型提供统一入口，便于用户查找和访问。本站将其归入免疫系统疾病 / 其他分类，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明数据与转录组或基因表达相关。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制、引用与许可等方面进行介绍。
【数据集背景】
自身免疫性疾病的发生发展与遗传变异密切相关，而 T 细胞是免疫调控中的关键细胞类型。该项目聚焦原代人 T 细胞，通过遗传与表观遗传筛选手段，尝试把候选因果自身免疫变异映射到 T 细胞调控网络之中。项目标题中的 MPRA 提示其涉及大规模并行报告基因检测相关数据，用于在调控层面评估变异的功能影响。该 BioProject 记录来自 NCBI，属于单一研究计划下的数据集合，便于集中呈现该计划产生的多种数据类型。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明其数据与转录组或基因表达相关。项目标题明确包含 MPRA，表明数据涉及大规模并行报告基因检测。项目描述指出，BioProject 记录提供用户一个统一位置，以查找为该项目生成的不同数据类型所对应的链接。除上述信息外，关于样本数量、测序深度、具体文件格式、数据量大小等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目 ID 为 1264965。BioProject 被描述为与单一研究计划相关的生物数据集合，该计划可来自单一组织或联合体。项目记录本身并不直接承载全部原始数据，而是提供指向该项目所生成各类数据的链接入口。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、具体实验平台等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于关注自身免疫相关遗传变异功能解读、T 细胞调控网络、转录组或基因表达研究，以及 MPRA 相关分析的研究人员。其主题标签表明可用于基因表达层面的探索；项目标题提示可用于将候选因果自身免疫变异与 T 细胞网络建立联系的研究场景。关于更具体的适用分析类型或推荐应用方向，源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1264965）访问该项目，并借助记录中提供的链接查找该项目生成的不同数据类型。BioProject 的设计目的即在于为同一计划下的多样数据类型提供单一查找入口。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具或参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
该记录来自 NCBI BioProject，属于项目层面的元数据记录，提供指向相关数据的链接。关于数据质量评估指标、覆盖度、批次效应、技术偏差、样本代表性等具体信息，源站未提供。使用时应结合项目内实际数据文件自行判断适用性。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可条款或使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1264965
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
与自身免疫性疾病相关的遗传变异在CD4+ T细胞的假定顺式调控区域内高度富集，提示它们通过改变基因调控来影响疾病风险。然而，目前仅有极少数遗传变异被证实能影响T细胞的基因表达或功能。在此，我们利用大规模并行报告基因检测技术，在原发性人CD4+ T细胞中检测了超过18,000个自身免疫性疾病相关变异的等位基因特异性表达。我们发现了545个以等位基因特异性方式调控表达的变异（emVars）。原发性T细胞emVars极大地富集了可能的因果变异，由共同的上游通路介导，且其推定靶基因在淋巴细胞活化网络中高度富集。通过批量及单细胞CRISPR干扰筛选，我们证实含有emVar的T细胞顺式调控元件可调控已知及先前未被重视的靶基因，这些基因参与调控T细胞增殖，从而为这些变异改变自身免疫性疾病风险提供了合理的机制。
总体设计：本项目包含从578个GWAS索引变异（代表531个不同的GWAS位点）中鉴定出的18,312个变异的MPRA数据，这些变异与已知T细胞发挥作用的自身免疫性疾病相关。此外，还包括91个阳性增强子对照和506个阴性对照。数据集包括来自人原代T细胞的5个质粒DNA条形码测序样本和7个mRNA条形码测序读取重复样本。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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