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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1161628：免疫信号介导基质变化支持乳糜泻十二指肠上皮重编程

PRJNA1161628 是 NCBI BioProject 数据库收录的一个生物项目，其英文全称为“Immune Signaling Mediates Stromal Changes to Support Epithelial Reprogramming in Celiac Duodenum”。从标题可以看出，该项目聚焦于免疫信号如何介导基质变化，进而支持乳糜泻十二指肠中的上皮重编程。该数据集在分类上归属于免疫系统疾病 / 其他，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其涉及转录组或基因表达层面的数据。作为 BioProject 体系中的一员，它为研究者提供了一个集中获取该项目相关多种数据类型链接的入口，有助于围绕乳糜泻这一免疫相关疾病开展深入的分子机制探索。

【数据集背景】

乳糜泻是一种与免疫系统密切相关的疾病，其病理过程涉及十二指肠黏膜的损伤与重塑。该 BioProject 所对应的研究项目，旨在探究免疫信号在基质变化中的作用，以及这些变化如何进一步支持上皮重编程。这一主题处于免疫学与胃肠病学的交叉领域，对于理解乳糜泻的发病机制具有潜在意义。源站描述指出，BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的生物数据的集合，而该记录正是这样一个集中入口，使用户能够找到为该项目生成的不同类型数据的链接。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据内容与转录组或基因表达相关。这意味着项目可能产生了基因表达谱、转录本丰度或其他表达层面的信息。不过，关于具体样本数量、测序平台、表达矩阵或差异基因列表等细节，源站未提供。该 BioProject 记录本身并不直接展示原始数据文件，而是作为链接中心，指向该项目生成的各种数据类型。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心。其英文名称中包含 PRJNA1161628 这一 BioProject 登录号，源站标题也明确标注了 ID 1161628。项目标题提及“Celiac Duodenum”，表明研究材料与乳糜泻患者的十二指肠组织相关。但关于样本采集的具体地点、时间、人群特征、伦理审批信息以及实验操作流程，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和分类，该数据集适用于免疫系统疾病特别是乳糜泻相关的研究场景。研究人员可能利用它来探索免疫信号通路与基质细胞变化之间的关联，或者分析上皮重编程过程中的基因表达改变。此外，对转录组或基因表达数据感兴趣的研究者，也可以将其作为二次分析的起点，例如进行通路富集、共表达网络构建或与其他乳糜泻数据集进行比较。然而，由于源站未提供具体的数据类型细节，实际适用性需结合链接到的下游数据进一步判断。

【使用方法】

用户可以通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，利用其提供的链接跳转到该项目生成的各种数据类型。通常，BioProject 页面会关联到 SRA、GEO 或其他 NCBI 资源中的具体数据集。使用者可根据自身研究需求，下载相应的转录组或基因表达数据，并遵循相关数据库的使用规范进行分析。由于源站未提供详细的使用指南或分析建议，具体操作需参考所链接数据的说明文档。

【质量与限制】

该记录作为 BioProject 条目，提供了项目层面的元数据，但源站未提供关于数据质量评估、技术验证、批次效应或覆盖度等方面的信息。此外，样本量、测序深度、数据完整性等关键质量指标均未在给定信息中体现。因此，用户在利用该数据集时，应自行核查所链接原始数据的质量，并注意项目描述中可能存在的局限性。该数据集分类为“免疫系统疾病 / 其他”，这一归类较为宽泛，可能无法精确反映其全部研究范围。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议或使用限制，源站未提供。用户在使用相关数据时，应参考 NCBI BioProject 的通用条款以及所链接具体数据资源的授权说明。建议在发表研究成果时，按照 NCBI 推荐的方式引用该 BioProject 登录号 PRJNA1161628 及其关联数据。由于源站未提供明确的许可信息，使用者需自行确认数据再分发或商业使用的合规性。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE277276

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1161628

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

乳糜泻（CeD）是一种慢性自身免疫性疾病，影响全球0.5-1%的普通人群，地理分布广泛。尽管近期在单细胞水平上对麸质特异性免疫激活进行了深入的表型分析，但针对麸质降解及其他免疫耐受机制的临床研究仍未取得成功。为此，需要更深入地理解免疫与非免疫细胞的动态变化及相互作用，以表征导致乳糜泻发病、修复和缓解的组织特异性机制。在此，我们构建了迄今为止乳糜泻领域最全面的scRNAseq数据集，涵盖21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本中的203,555个细胞。与对照十二指肠相比，乳糜泻的特征在于各细胞区室在丰度、基因表达和细胞间相互作用方面的单细胞差异性变化。在免疫区室中，乳糜泻样本显示浆细胞丰度如预期般增加，并向1型效应生物学转变（例如，循环CD8阳性细胞、γδ T细胞增加及IFNG转录偏移）以及Tfh相关生物学转变（例如，向效应T细胞的IL21信号增加）。

此外，在疾病状态下，活化的髓系细胞亚群（包括DC2和单核细胞）增多，其特征是促炎通路表达增加，包括IL-1β。在CeD样本中，非免疫区室显示干细胞/隐窝和分泌型肠上皮细胞增多，而吸收型肠上皮细胞减少，这反映了CeD上皮功能障碍的标志性特征——绒毛萎缩和隐窝增生。伴随上皮变化，基质细胞群体也出现了明显改变，尤其是NRG1和SMOC2成纤维细胞的丰度和转录活性增加。跨多个细胞区室的细胞间相互作用分析表明，成纤维细胞在支持干细胞/隐窝上皮增多的上皮重编程中发挥了明显增强的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别