PRJNA1143418：LatY136F小鼠中敲除CD45影响T细胞活化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1143418

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：T细胞活化衔接蛋白（LAT）是T细胞抗原受体使用的关键信号枢纽。LAT-PLCγ1结合位点（Y136）突变的小鼠由于TCR信号减弱，胸腺细胞发育存在缺陷。能够到达外周的CD4+ T细胞则过度活化并偏向Th2型。随着时间推移，这些小鼠会发展出一种自身免疫样综合征，其特征为Th2细胞因子过度产生、T细胞浸润多种器官，以及B细胞活化、同种型转换和自身抗体产生。在本研究中，我们建立了LatY136F和LatY136F-CD45 KO小鼠，并利用它们通过流式细胞术和scRNA测序研究CD45在TCR信号传导中的作用。结论：在LatY136F小鼠中敲除CD45影响T细胞活化。总体设计：为进行T细胞的scRNA-seq分析，处死8-9周龄的LatY136FCD45-KO和LatY136F小鼠。将脾脏制成的单细胞悬液用抗体CD4-PE-cy7和CD3-FITC染色。用1 mL FACS缓冲液洗涤两次后，将细胞用Sytox blue重悬，分选CD3+CD5+细胞并上机至BD Rhapsody Express系统。

随后，按照制造商说明，使用BD Rhapsody全转录组扩增（WTA）试剂盒（BD Bioscience，货号：633733、633773、633801、664887）构建cDNA和样本标签文库，并在Illumina Novaseq 600测序仪上进行测序。样本标签和WTA数据的双端Fastq文件通过BD RhapsodyTM分析流程v2.0处理，所得数据集主要使用SeGeqTM软件进行分析，该软件包含Lex-BDSMK和Seurat v4.04插件组件。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。