急性和携带者GAS口咽拭子转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE309825

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

化脓性链球菌（A组链球菌，GAS）的携带状态定义为存在该微生物但无症状或免疫反应。携带状态给临床管理带来挑战，并促进社区传播。目前缺乏对自然获得性人类GAS携带状态的全面基因组和转录组分析。在本研究中，我们收集了急性咽炎患者抗生素治疗前后的纵向样本，对选定分离株进行全基因组测序和RNA-seq。这是首次直接从人源口咽拭子中对GAS进行转录谱分析的报告。口咽拭子的转录谱分析揭示了急性感染期与治疗后携带期之间不同的基因表达模式，尽管早期急性期表达谱未能预测治疗失败。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。