年轻与老龄策勒黑羊卵巢m6A差异甲基化与转录组整合分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE287189

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

卵巢衰老导致卵泡衰竭和闭锁，进而引起卵母细胞数量和质量下降。N6-甲基腺苷（m6A）已被证实在雌性动物的生殖功能中发挥调控作用；然而，m6A在绵羊卵巢中的调控机制尚不清楚。本研究采集1~2岁和5~6岁策勒黑羊的卵巢组织，采用MeRIP-seq和RNA-seq测序进行分析。共鉴定出109个差异甲基化基因，其中7个基因甲基化和mRNA表达均上调，55个基因甲基化上调而mRNA表达下调，33个基因甲基化和mRNA表达均下调。此外，14个基因甲基化下调而mRNA表达上调。通过GO和KEGG富集分析发现，差异甲基化峰（DMPs）显著富集于BMP信号通路、子宫胚胎发育、组蛋白乙酰转移酶活性和VEGF信号通路。

差异表达基因（DEGs）显著富集于I-kappaB激酶/NF-kappaB信号通路的负调控、白细胞与血管内皮细胞黏附的正调控、组蛋白甲基转移酶结合、转录辅阻遏物活性以及细胞衰老等条目。结果表明，差异表达基因可能影响绵羊卵巢中的多种生物学功能，包括转录、翻译、衰老、发育、再生和免疫应答。本研究构建了首个绵羊卵巢全面的全转录组分析图谱，为探究m6A修饰在卵巢中的转录调控机制提供了理论基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。