感染shaan病毒的HEK-293、A549和HRT18细胞转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE165900

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

提议：本研究的目标是感染shaan病毒的宿主细胞的病毒转录本，以及HEK293、A549和HRT18细胞感染shaan病毒后的宿主细胞反应。方法：我们以0.5的感染复数(MOI)感染人组织来源的细胞系，包括HEK-293、A549和HRT18。感染后24小时收获感染细胞，并使用Trizol LS试剂从收获的细胞中提取总RNA。将修剪后的读数比对到shaan病毒基因组或GRCh37人类基因组DNA参考序列。根据每个基因FPKM的倍数变化计算病毒感染细胞与模拟感染细胞之间的差异表达基因(DEGs)。结果：病毒转录本根据病毒基因的不同而差异表达，明显的是核衣壳(N)转录本在所有感染细胞中表达最高。基于DEGs的基因本体富集分析显示，HEK-293、A549和HRT18细胞在响应shaan病毒感染时高表达与抗病毒防御系统和先天免疫反应相关的基因。结论：在本研究中，我们描述了来自shaan病毒感染细胞的转录组数据。

推断出的差异表达基因及其相关生物学功能可进一步研究，以理解shaanvirus与宿主的相互作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。