野生黑腹果蝇先天免疫快速季节性演化数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.qf5m8

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 125.4 MB。

数据说明

理解进化变化的速率以及促进快速适应的遗传架构，是当前进化生物学面临的一项挑战。比较研究表明，在众多类群中，具有免疫功能的基因属于进化最快的基因之列。在此，我们利用黑腹果蝇自然种群中的免疫防御，来理解自然种群中的进化速率以及快速变化背后的遗传基础。我们使用天然病原体粪肠球菌和雷特格氏普罗威登斯菌来探测免疫系统，以测量沿北美东部（马萨诸塞州、宾夕法尼亚州和弗吉尼亚州）纬度样带按季节时间采集的野生黑腹果蝇种群感染后的存活率和细菌载量。在春季和秋季采集之间大约10个世代中，免疫反应发生了明显且可重复的变化，而在地理位置之间观察到的差异显著但较不明显。

具有已知免疫功能的基因并未在随季节时间循环的等位基因中富集，但利用重建的近交种群对免疫基因中一部分季节性循环等位基因的免疫功能进行了检验。我们发现，含有硫酯包含蛋白3（Tep3）季节性等位基因的果蝇对感染具有不同的功能反应，并且季节性Tep3与Drosomycin样6（Dro6）等位基因之间的上位性相互作用构成了在自然种群中观察到的免疫表型的基础。这种对季节性环境压力的快速、循环反应拓宽了我们对决定自然种群免疫防御进化的复杂生态与遗传相互作用的理解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。