野生鲑鱼幼鱼免疫应答基因与病原体存在预测洄游存活数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.rn5c0

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 157.6 KB。

数据说明

我们首次展示了将生理反应与病原体存在同野生鲑鱼幼鱼迁徙过程中后续命运相联系的数据。我们对离开其育幼湖（加拿大不列颠哥伦比亚省奇尔科湖）的红鲑（Oncorhynchus nerka）幼鱼进行了标记，并非致死性地采集了其鳃组织样本，利用声学遥测技术，比较了它们前往北太平洋迁徙最初约1150公里过程中的基因表达谱和淡水病原体负载与迁徙成功率。15%的幼鱼在放流后再未被检测到，与成功完成淡水迁徙的鱼相比，这些鱼的基因表达谱与对一种或多种病毒性病原体的免疫反应相一致。在放流后未被检测到的鱼中，显著上调的基因包括MX（干扰素诱导的GTP结合蛋白Mx）和STAT1（信号转导和转录激活因子1-α/β），这是对病毒性病原体产生I型干扰素反应的特征。离开育幼湖的幼鱼中最常检测到的病原体是传染性造血器官坏死病毒（IHNV）。

总体而言，这些数据表明，一些被认为在离开保育湖后死亡的鱼似乎对一种或多种病毒性病原体产生了反应，并且其应激水平升高，这可能导致了放流后不久的部分死亡。我们首次提供了证据，表明基因表达的变化可能预示野生鲑科幼鱼在淡水迁移过程中的某些死亡情况。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。