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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA573943：核糖体生物发生过程中的p53激活调控正常红细胞分化 [表达]

该数据集来自 NCBI BioProject（ID 573943），英文名称为“PRJNA573943: p53 activation during ribosome biogenesis regulates normal erythroid differentiation. [expression]”，主题聚焦于核糖体生物发生过程中 p53 激活对正常红细胞分化的调控，属于转录组或基因表达类数据。其源站标题为“p53 activation during ribosome biogenesis regulate... (ID 573943) - BioProject - NCBI”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。本站将其归类于血液及造血器官疾病 / 其他。整体来看，该数据集围绕红细胞分化与核糖体生物发生之间的分子联系展开，并以基因表达信息为核心数据类型，为相关研究提供可检索、可关联的项目入口。

【数据集背景】

该数据集所属的 BioProject 是围绕单一研究计划或项目汇集而成的生物数据集合，通常由单一机构或联盟发起。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用于查找该项目所产生的多种数据类型。就本数据集而言，其主题为核糖体生物发生过程中的 p53 激活调控正常红细胞分化，属于转录组或基因表达方向。本站分类将其归入血液及造血器官疾病 / 其他，说明其与血液及造血系统相关研究存在关联。源站未提供更详细的研究背景、立项机构或项目发起方信息。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其内容属于转录组或基因表达类数据。数据集英文名称中包含“[expression]”标识，进一步指向基因表达相关信息。其核心科学主题是核糖体生物发生过程中 p53 激活对正常红细胞分化的调控。除上述主题与数据类型信息外，源站未提供具体的样本数量、基因列表、表达矩阵、测序平台或分析结果等细节。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目 ID 为 573943。BioProject 作为生物数据的集合，来源于单一机构或联盟，并提供查找该项目多种数据类型的统一入口。源站描述仅说明了 BioProject 的一般性质，未提供本数据集的具体采集方法、实验设计、样本来源或数据处理流程。因此，关于采集时间、采集地点、实验条件等信息，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与标题信息，该数据集适用于与转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是涉及核糖体生物发生、p53 激活以及正常红细胞分化之间关系的研究。其本站分类为血液及造血器官疾病 / 其他，也可作为血液及造血器官疾病相关研究的数据检索入口。由于源站未提供具体数据格式与分析结果，该数据集在特定分析流程中的直接适用性需结合源站进一步确认。

【使用方法】

该数据集作为 NCBI BioProject 记录，可通过其项目 ID 573943 在 NCBI BioProject 中查找，并借助 BioProject 提供的统一入口链接到该项目产生的多种数据类型。源站未提供具体的数据下载方式、文件格式、分析工具或使用步骤，因此详细使用方法需以源站实际页面信息为准。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，具备项目级记录的基本组织方式。其主题标签明确为“Transcriptome or Gene expression”，标题指向 p53 激活、核糖体生物发生与正常红细胞分化。然而，源站未提供样本量、数据完整性、测序深度、质控指标或验证结果等信息，无法据此评估数据质量。此外，源站描述为 BioProject 的通用说明，并非针对该数据集的详细方法学描述。因此，在质量与限制方面，源站未提供具体信息。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可条款。如需引用或使用，应参考 NCBI BioProject 源站页面中关于项目 ID 573943 的官方说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE137951

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA573943

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

核糖体生物合成在红系发育中的作用得到了对Diamond-Blackfan贫血和5q-综合征中核糖体病红系缺陷的认可的支持。核糖体生物合成是否对正常红系发育具有调节功能仍不清楚。在本研究中，对人类和小鼠红系生成过程中核糖体生物合成动态的详细表征显示，核糖体生物合成因rDNA转录下降和核糖体蛋白新合成崩溃而突然中断。通过RNA聚合酶I抑制剂CX-5461使其过早停滞，靶向未成熟红系母细胞的增殖。我们还显示，p53自发激活或响应CX-5461与核糖体生物合成停滞同时发生，并驱动一个转录程序，其中涉及细胞周期停滞、凋亡负调控和DNA损伤响应的基因被上调。RNA聚合酶I转录应激导致核仁破坏和ATR-CHK1-p53通路的激活。我们的结果意味着核糖体生物合成消失和p53激活的时机对红系发育至关重要。

在核糖体病中，核糖体可用性因核糖体蛋白生成失衡而改变，核糖体生物合成下调的阈值可能提前达到，并与病理性p53激活共同阻止红系祖细胞的正常扩增。总体设计：该数据集的目的是分析核糖体生物合成对成红细胞的影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别