基本信息

模态

基因组

任务类型

回归

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA428742：mRNA长度与3'UTR结构调控RPS14单倍不足红系母细胞翻译选择性[翻译组]

PRJNA428742 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学研究项目，全称为“mRNA length and 3’UTR structure govern the translation selectivity in RPS14-haploinsufficient erythroblasts [translatome]”。该项目围绕转录组或基因表达这一主题展开，重点关注 RPS14 单倍不足的红系母细胞中，mRNA 长度与 3‘UTR 结构如何调控翻译选择性，属于翻译组层面的数据集合。BioProject 作为生物数据的整合入口，将同一研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一条记录中，便于用户集中查找与访问。该数据集在分类上归属于血液及造血器官疾病相关领域，来源于 ncbi.nlm.nih.gov，为研究红系发育异常及翻译调控机制提供了可检索的数据资源。

【数据集背景】

该数据集对应的研究聚焦于 RPS14 单倍不足的红系母细胞。RPS14 是核糖体蛋白基因，其单倍不足与红系造血异常密切相关。项目标题明确指出，研究旨在探讨 mRNA 长度和 3’UTR 结构对翻译选择性的调控作用。这一背景将数据集置于血液及造血器官疾病的研究范畴内，同时涉及转录后调控与翻译调控的交叉领域。BioProject 记录本身并不直接提供实验细节，而是作为项目层面的索引，指向该项目所产生的各类数据。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，并明确标注为翻译组（translatome）数据。这意味着数据内容涉及对翻译过程中 mRNA 的检测与分析，可能包括核糖体印迹或类似翻译组测序所获得的 reads 信息。项目标题中提及的 mRNA 长度与 3‘UTR 结构是分析的核心变量，暗示数据可用于考察不同长度和不同 3’UTR 结构特征对翻译效率或选择性的影响。除上述主题与翻译组属性外，源站未提供更具体的数据文件类型、样本数量或测序平台信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，编号为 PRJNA428742，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 记录由单一组织或联盟发起，用于汇集与某一研究计划相关的生物数据。该记录本身不描述具体的采集方法、实验条件或样本处理流程，仅作为项目入口，链接到该项目生成的不同数据类型。因此，关于样本采集地点、时间、处理方式等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于转录组与翻译组相关的研究场景，尤其是关注红系母细胞中翻译调控机制的分析。具体而言，可用于探索 mRNA 长度、3‘UTR 结构特征与翻译选择性之间的关系，也可用于 RPS14 单倍不足相关血液疾病机制的研究。此外，对翻译组数据感兴趣的研究者，或需要利用 BioProject 记录查找相关数据资源的用户，也可将该数据集作为检索起点。由于数据主题涉及基因表达，其潜在应用还包括比较不同条件下翻译效率的差异，但具体分析需依赖项目所链接的原始数据。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以编号 PRJNA428742 检索并访问该记录。BioProject 页面提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此获取翻译组相关数据。使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 的通用访问规范。由于源站未提供该数据集的具体文件格式、下载方式或分析流程，实际使用需结合项目链接指向的原始数据及其配套说明进行。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库记录，其质量依赖于原始数据提交方的规范程度。BioProject 记录本身仅提供项目层面的描述与链接，不包含对数据质量的直接评价。该数据集的限制在于，源站未提供样本量、测序深度、重复数、数据完整性等具体指标，用户需自行查阅链接的原始数据以评估适用性。此外，该记录未提供实验验证或统计分析细节，使用时应谨慎解读。

【引用与许可】

该数据集的引用应遵循 NCBI BioProject 的通用引用规范，并注明项目编号 PRJNA428742。关于该数据集的具体许可条款、使用限制或引用要求，源站未提供。用户在使用相关数据时，应查阅 NCBI 及 BioProject 的官方政策，并参考原始数据提交方可能附带的许可说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE108821

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA428742

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

5q-综合征是一种体细胞核糖体病，与RPS14基因的单等位缺失相关，以显著的红系表型为特征。贫血的机制涉及红系祖细胞分化受损和凋亡增加。本研究发现，GATA1蛋白表达水平低下，与其mRNA在核糖体上的代表性缺陷相一致。对多聚核糖体上转录本的全面分析表明，翻译具有选择性，表现为编码序列和UTR较短以及3’UTR高度结构化的转录本代表性降低，而GATA1正是这类转录本之一。我们的全蛋白质组分析证实，转录后下调的蛋白质由长度较短且3’UTR结构化的转录本编码。我们鉴定出一组翻译后下调的蛋白质，包括核糖体蛋白和翻译延伸因子，它们由5’TOP mRNA编码，且在核糖体上富集。

我们的结果表明，3’UTR的热力学特征，以及较小程度上5’UTR和转录本长度，是RPS14单倍体不足条件下翻译选择性的决定因素，而核糖体蛋白的翻译后调控解释了它们在细胞中含量减少的原因。我们对感染了shRPS14或shSCR的细胞进行了转录组和翻译组表达谱分析。总体设计：该数据集的目的是分析沉默RPS14的效果。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别