基本信息

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基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA428741：mRNA长度与3'UTR结构决定RPS14单倍不足红系母细胞翻译选择性 [转录组]

该数据集为 NCBI BioProject 收录的转录组项目，编号 PRJNA428741，英文标题为“mRNA length and 3’UTR structure govern the translation selectivity in RPS14-haploinsufficient erythroblasts [transcriptome]”。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，属于转录组或基因表达范畴。项目聚焦于 mRNA 长度与 3’UTR 结构如何决定 RPS14 单倍不足红系母细胞中的翻译选择性，在血液及造血器官疾病分类下归入“其他”方向。整体而言，该数据集围绕特定血液相关细胞模型中基因表达与翻译调控机制展开，为研究者提供与转录组相关的生物数据入口。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 PRJNA428741。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一机构、联盟发起的一组生物数据的集合，其记录为用户提供统一入口，以便查找该项目产生的多种数据类型。从标题与主题标签看，该项目属于转录组或基因表达研究，关注 RPS14 单倍不足红系母细胞中 mRNA 长度和 3’UTR 结构对翻译选择性的调控作用。RPS14 单倍不足与红系母细胞翻译异常相关，而该数据集正是从转录组层面切入，探索 mRNA 自身特征如何影响翻译选择性。本站将其归类于血液及造血器官疾病下的“其他”类别，说明其与血液系统疾病研究存在关联，但具体疾病机制、实验模型和结论需以源站记录为准。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其内容属于转录组或基因表达数据。项目标题明确指向 mRNA 长度与 3’UTR 结构在 RPS14 单倍不足红系母细胞中对翻译选择性的影响，因此数据内容应围绕该生物学问题展开。BioProject 记录本身是项目层面的汇总入口，用于链接该项目产生的多种数据类型，而非单一实验文件。关于具体样本数量、测序平台、数据文件格式、基因列表、表达量矩阵或分析结果等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来自 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号 PRJNA428741。BioProject 记录由单一研究计划或联盟发起，旨在汇集与同一项目相关的生物数据。源站描述指出，BioProject 为用户提供查找该项目所产生多种数据类型的统一位置。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、实验操作流程、测序机构或具体提交者信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于转录组或基因表达相关研究场景，尤其是关注 mRNA 长度、3’UTR 结构以及翻译选择性调控的研究。由于项目聚焦 RPS14 单倍不足红系母细胞，也可用于血液及造血器官疾病领域中与红系母细胞翻译异常相关的探索。研究者可通过 BioProject 入口查找该项目关联的数据类型，用于基因表达分析、翻译调控机制研究或相关疾病模型的转录组层面比较。关于该数据集是否适用于临床诊断、药物开发或特定统计方法验证，源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时，可先通过 NCBI BioProject 编号 PRJNA428741 定位项目记录，再依据记录中提供的链接查找该项目产生的多种数据类型。BioProject 作为项目汇总入口，有助于用户集中获取与同一研究计划相关的数据。关于具体下载方式、文件格式、分析工具、参数设置、参考基因组版本或数据处理流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 项目记录，提供项目层面的汇总信息与数据链接。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，项目标题涉及 mRNA 长度与 3’UTR 结构对翻译选择性的影响。关于数据质量评估指标、样本量、测序深度、覆盖度、批次效应、缺失值情况或验证实验结果，源站未提供。使用时应以源站记录为准，并注意 BioProject 记录本身可能不包含完整的实验细节或分析结果。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE108820

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA428741

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

5q-综合征是一种体细胞核糖体病，与RPS14基因的单等位缺失相关，以显著的红系表型为特征。贫血的机制涉及红系祖细胞分化受损和凋亡增加。本研究发现，GATA1蛋白表达水平低下，与其mRNA在核糖体上的代表性缺陷相一致。对多聚核糖体上转录本的全面分析表明，翻译具有选择性，表现为编码序列和UTR较短以及3’UTR高度结构化的转录本代表性降低，而GATA1正是这类转录本之一。我们的全蛋白质组分析证实，转录后下调的蛋白质由长度较短且3’UTR结构化的转录本编码。我们鉴定出一组翻译后下调的蛋白质，包括核糖体蛋白和翻译延伸因子，它们由5’TOP mRNA编码，且在核糖体上富集。

我们的结果表明，3’UTR的热力学特征，以及较小程度上5’UTR和转录本长度，是RPS14单倍体不足条件下翻译选择性的决定因素，而核糖体蛋白的翻译后调控解释了它们在细胞中含量减少的原因。我们对感染了shRPS14或shSCR的细胞进行了转录组和翻译组表达谱分析。总体设计：该数据集的目的是分析沉默RPS14的效果。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别