PRJNA312338：全基因组表达谱揭示S100B为侵袭性曲霉病生物标志物
侵袭性曲霉病（IA）是一种破坏性机会性感染，其治疗给医疗系统带来相当大的负担。免疫功能低下的患者发生IA的风险增加，IA主要由烟曲霉（Aspergillus fumigatus）引起
基本信息
资源简介
PRJNA312338：全基因组表达谱揭示S100B为侵袭性曲霉病生物标志物
PRJNA312338 是一项围绕侵袭性曲霉病（Invasive Aspergillosis，IA）展开的全基因组表达谱研究数据集，其英文全称为“Genome-Wide Expression Profiling Reveals S100B as Biomarker for Invasive Aspergillosis”。该数据集在分类上归属于血液及造血器官疾病下的“其他”类别，来源站为 ebi.ac.uk。研究聚焦于侵袭性曲霉病这一破坏性机会性感染，试图通过分析宿主基因表达反应来寻找新的生物标志物，并最终将 S100B 确定为该病的候选标志物。数据集的核心价值在于为侵袭性曲霉病的早期、可靠诊断提供基于宿主反应的新思路，从而辅助抗真菌治疗的及时启动。整体而言，该数据集面向血液系统疾病与感染性疾病交叉领域，适合关注生物标志物发现、宿主免疫反应转录组分析以及侵袭性真菌感染诊断研究的用户参考使用。
【数据集背景】
侵袭性曲霉病是一种破坏性机会性感染，其治疗给医疗系统带来相当大的负担。免疫功能低下的患者发生 IA 的风险增加，该病主要由烟曲霉（Aspergillus fumigatus）引起。临床上需要早期且可靠的诊断，以便及时启动适当的抗真菌治疗，但现有诊断方法的敏感性和准确性仍有待提高。除直接检测病原体外，分析宿主反应被视为实现这一目标的有前景的策略。该研究正是沿着这一思路，寻求鉴定侵袭性曲霉病的新生物标志物。
【数据内容】
该数据集为全基因组表达谱数据，研究分析了血液病患者的基因表达谱，并将罹患侵袭性曲霉病的患者与非 IA 患者的表达谱进行比较。通过这种病例对照式的表达谱比较，研究旨在从宿主基因表达层面识别与 IA 相关的标志物，并最终指向 S100B 作为侵袭性曲霉病的生物标志物。数据集名称本身即概括了这一核心发现。关于样本数量、具体基因数量、表达平台型号等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。研究采集的对象为血液病患者，依据其是否罹患侵袭性曲霉病进行分组比较。关于样本采集的具体地点、时间跨度、伦理审批信息以及样本处理流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于侵袭性曲霉病生物标志物相关的研究场景，尤其是从宿主反应角度出发的转录组分析。可用于比较 IA 患者与非 IA 患者的基因表达差异，评估 S100B 作为候选生物标志物的表达特征，也可为血液病患者机会性真菌感染的诊断研究提供表达谱层面的参考。此外，对于关注免疫功能低下人群感染诊断方法改进的研究者，该数据集具有潜在的再利用价值。关于其在临床诊断产品开发或验证中的具体适用性，源站未提供。
【使用方法】
使用者可基于该数据集开展病例与非病例之间的差异表达分析，围绕 S100B 及相关基因的表达模式进行探索，并结合研究背景理解宿主反应在 IA 诊断中的潜在作用。关于数据下载方式、文件格式、分析流程与推荐工具，源站未提供。
【质量与限制】
该研究的价值在于提出了基于宿主基因表达反应的生物标志物发现策略，并将 S100B 与侵袭性曲霉病诊断相关联。其局限性方面，关于样本规模、验证队列情况、数据完整性以及潜在偏倚，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与使用许可条款，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA312338
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
侵袭性曲霉病（IA）是一种破坏性机会性感染，其治疗给医疗系统带来了相当大的负担。免疫功能受损患者发生IA的风险增加，该病主要由烟曲霉（Aspergillus fumigatus）引起。需要早期、可靠的诊断以启动适当的抗真菌治疗。然而，诊断的敏感性和准确性仍需提高，这至少可以部分通过定义新的生物标志物来实现。除了通过当前诊断方法直接检测病原体外，分析宿主反应是实现这一目标的一种有前景的策略。遵循这一方法，我们试图鉴定IA的新生物标志物。为此，我们分析了血液病患者的基因表达谱，并将IA患者的表达谱与非IA患者进行比较。基于微阵列数据，我们使用随机森林分类器进行了全面的特征选择。我们鉴定出编码S100钙结合蛋白B（S100B）的转录本作为诊断IA的潜在新生物标志物。
考虑到该基因的表达，我们能够以82.3%的敏感性和74.6%的特异性对IA患者的样本进行分类。此外，我们在实时RT-PCR检测中验证了S100B的表达，并且还发现烟曲霉刺激的树突状细胞中S100B的下调。这种S100B敲低证明了对IL1B和CXCL1下游水平的影响。总之，本研究涵盖了一种有效的特征选择，揭示了IA期间人类免疫反应的关键调节因子。S100B可能代表一种额外的诊断标志物，与现有技术相结合可能提高IA诊断的准确性。总体设计：将侵袭性曲霉病（IA）患者的基因表达数据与无IA患者进行比较。8名IA患者的23份样本，7名未分类患者的13份样本和1名患者
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
