通过外显子组测序研究巴基斯坦家族性队列中视网膜变性的分子基础

该数据集包含来自巴基斯坦旁遮普省26个近亲家系、共277名个体的外显子组测序数据,数据模态为基因组序列数据,主要用于研究早发性视网膜变性的分子遗传基础,通过分析RPE65、LCA5、USH2A等视网膜疾病相关基因的致病变异,揭示巴基斯坦人群中特有的遗传特征,为遗传性视网膜疾病的基因诊断、人群遗传学研究及精准医疗提供数据支持。

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2016-01-15 更新
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GUCYExome Sequencing PurposeToexome sequencingCNGB2d2alcanhlbipakistaniIllumina HiSeq 2500. Candidate variants26 pedigreesdegeneration
Investigating the Molecular Basis of Retinal Degeneration in a Familial Cohort of Pakistani Descent by Exome Sequencing

基本信息

大小
0.000606859 GB
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2016-01-15
版本
v1

资源简介

通过外显子组测序研究巴基斯坦家族性队列中视网膜变性的分子基础

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Investigating the Molecular Basis of Retinal Degeneration in a Familial Cohort of Pakistani Decent by Exome Sequencing》。配套论文《Investigating the Molecular Basis of Retinal Degeneration in a Familial Cohort of Pakistani Decent by Exome Sequencing》发表于 PLOS ONE(2015),DOI:10.1371/journal.pone.0136561。源站首次发布:2015-09-09。

【数据内容】

源站原始描述:Purpose To define the molecular basis of retinal degeneration in consanguineous Pakistani pedigrees with early onset retinal degeneration. Methods A cohort of 277 individuals representing 26 pedigrees from the Punjab province of Pakistan was analyzed. Exomes were captured with commercial kits and sequenced on an Illumina HiSeq 2500. Candidate variants were identified using standard tools and analyzed using exomeSuite to detect all potentially pathogenic changes in genes implicated in retinal deg…

【数据结构与技术规格】

文件数 6 个,合计 606.86 KB。S1_Table.docx:application/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document,71.70 KB。S2_Table.docx:application/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document,110.55 KB。S3_Table.docx:application/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document,58.44 KB。数据集 DOI:10.1371/journal.pone.0136561。

【主题与分类】

源站学科分类:Uncategorised。主题标签:GUCY、Exome Sequencing PurposeTo、exome sequencing、CNGB、2d、2a、lca、nhlbi、pakistani、Illumina HiSeq 2500. Candidate variants。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Uncategorised。

【获取与许可】

源站页面:https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Investigating_the_Molecular_Basis_of_Retinal_Degeneration_in_a_Familial_Cohort_of_Pakistani_Decent_by_Exome_Sequencing_/1537700

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Maranhao, Bruno; Biswas, Pooja; D. H. Gottsch, Alexander; Navani, Mili; Asif Naeem, Muhammad; Suk, John; et al. (2016). Investigating the Molecular Basis of Retinal Degeneration in a Familial Cohort of Pakistani Decent by Exome Sequencing. PLOS ONE. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-05-30,引用时请注意版本时效。

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源站:https://figshare.com/articles/dataset/_Investigating_the_Molecular_Basis_of_Retinal_Degeneration_in_a_Familial_Cohort_of_Pakistani_Decent_by_Exome_Sequencing_/1537700

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数据说明

该数据集是一个针对巴基斯坦旁遮普省26个近亲家系、共277名个体的外显子组测序数据集,旨在探究早发性视网膜变性的分子遗传基础。数据包含通过Illumina HiSeq 2500平台测序获得的外显子组序列,并利用标准生物信息学工具和exomeSuite软件分析了与视网膜变性相关的基因中的致病性变异。研究在近半数家系中鉴定出包括RPE65、LCA5、USH2A等基因在内的9个致病变异,其中6个为新发现变异;同时识别出200个在巴基斯坦人群中常见且特有的基因变异。该数据集为遗传性视网膜疾病的研究提供了重要的分子数据资源,可用于疾病基因发现、人群特异性变异分析以及精准医疗方向的探索。

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