PRJNA817894：人眼前节细胞图谱：组织特异与共享细胞类型

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA817894

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数据说明

眼前节由角膜、虹膜、睫状体、晶状体和房水流出通道组成。这些组织共同对眼睛的正常功能至关重要。视力障碍被归因于所有这些组织的缺陷；其中一些，包括青光眼和白内障，是最常见的致盲原因之一。为了表征构成这些组织的细胞类型，我们利用高通量单核RNA测序（snRNAseq）生成了人眼前节细胞图谱。我们对来自6位人类供体的非病变眼前节组织中的191,992个单核进行了分析，识别出超过60种细胞类型。许多细胞类型是离散的，而晶状体和角膜中的其他细胞类型则形成连续体，对应于已知的在成年期持续存在的发育过渡。在分别对每种组织进行分析后，我们对整个眼前节进行了整合分析，揭示出一些细胞类型是单一结构所独有的，而另一些则跨组织共享。

随后，该整合细胞图谱被用于研究超过900个人类眼部疾病基因的细胞类型特异性表达模式，这些基因通过孟德尔遗传模式或全基因组关联研究（GWAS）鉴定。总体设计：为更好地理解构成人眼前节的复杂组织，我们利用高通量单核RNA测序（snRNAseq）构建了细胞图谱。我们对来自非疾病前节组织的191，992个单核进行了分析，应用计算方法根据转录组相似性对其进行聚类，并使用组织学技术为各聚类分配细胞类型身份。在独立研究每个数据集后，我们汇集了来自多个组织的细胞核并进行了整合分析。通过这种方式，我们能够显示某些细胞类型局限于特定组织，而其他细胞类型则在两个或更多组织中共享。最后，我们使用该细胞

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。