原发性开角型与剥脱性青光眼患者房水大规模蛋白质组分析数据集

该数据集包含来自15例原发性开角型青光眼(POAG)患者、15例剥脱性青光眼(EXG)患者和10例白内障对照患者的房水样本的蛋白质组谱

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医学影像分类青光眼房水蛋白质组SOMAscan原发性开角型青光眼剥脱性青光眼眼及附器疾病
Large-scale proteomic analysis of aqueous humor from patients with primary open angle and exfoliation glaucoma

基本信息

模态
医学影像
大小
0.003278028 GB
任务类型
分类
许可
Creative Commons Attribution 4.0 International
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

原发性开角型与剥脱性青光眼患者房水大规模蛋白质组分析数据集

该数据集提供了原发性开角型青光眼与剥脱性青光眼患者房水样本的大规模蛋白质组学分析结果,涵盖15例原发性开角型青光眼(POAG)患者、15例剥脱性青光眼(EXG)患者以及10例白内障对照患者。蛋白质测量采用SOMAscan平台完成,共检测7,335种人类蛋白质。数据以ADAT文件形式提供,可利用SomaLogic提供的SOMAscan网络工具进行分析,也可借助Excel等软件重新分析。数据集由Funagura、Naofumi、Fujimoto、Tomokazu与Inoue、Toshihiro共同完成,发布于Zenodo平台,采用知识共享署名4.0国际许可协议,本站将其归类于眼及附器疾病下的青光眼方向。

【数据集背景】

青光眼是一类以视神经损伤为特征的致盲性眼病,其中原发性开角型青光眼和剥脱性青光眼是临床常见的两种类型。房水作为眼内重要的循环体液,其蛋白质组成可在一定程度上反映眼内微环境的病理生理状态。对房水开展蛋白质组学分析,有助于研究者从分子层面比较不同青光眼类型之间的差异,并寻找潜在的生物标志物。该数据集正是在这一研究背景下产生,聚焦于上述两类青光眼患者与白内障对照人群房水样本的蛋白质组谱比较。

【数据内容】

数据集的核心内容是房水样本的蛋白质组谱。样本来自三组人群:15例原发性开角型青光眼患者、15例剥脱性青光眼患者和10例白内障对照患者。蛋白质测量通过SOMAscan平台完成,检测范围覆盖7,335种人类蛋白质。数据以ADAT文件格式提供,该格式为SOMAscan平台对应的数据文件形式,包含上述样本的蛋白质检测结果。

【采集与来源】

数据集来源于doi.org,发布机构为Zenodo。作者为Funagura、Naofumi,Fujimoto、Tomokazu与Inoue、Toshihiro。发布时间为2026年。样本类型为房水,涉及原发性开角型青光眼、剥脱性青光眼和白内障对照三类人群。蛋白质测量平台为SOMAscan。其余关于样本采集地点、采集流程、伦理审批及临床信息等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于房水蛋白质组学的比较研究,可用于比较原发性开角型青光眼、剥脱性青光眼与白内障对照人群之间蛋白质表达谱的差异。由于检测覆盖7,335种人类蛋白质,数据可用于候选生物标志物的筛选与验证性分析,也可用于两类青光眼之间分子特征异同的探索。此外,该数据可作为蛋白质组学方法学研究的参考数据,或用于与其他房水蛋白质组数据集的对照分析。具体研究用途需结合研究者自身设计,源站未提供专门的应用说明。

【使用方法】

数据以ADAT文件形式提供,可使用SomaLogic提供的SOMAscan网络工具进行分析,也可使用Excel等软件重新分析。使用者在分析前应确认所用工具对ADAT文件格式的兼容性,并按照相应平台的操作要求导入数据。源站未提供详细的分析流程、标准化步骤或统计方法说明。

【质量与限制】

该数据集的样本量分别为15例、15例和10例,属于较小规模的临床样本集合,组间比较的统计效力可能受到样本量限制。蛋白质检测覆盖7,335种人类蛋白质,但检测范围受SOMAscan平台所覆盖的蛋白质种类约束。源站未提供样本临床特征、质量控制指标、数据缺失情况或验证实验结果等信息,使用者在解释结果时需考虑这些因素。此外,源站未提供数据集的更新记录或版本信息。

【引用与许可】

使用该数据集时应引用作者Funagura、Naofumi,Fujimoto、Tomokazu与Inoue、Toshihiro的相关工作,并注明数据来源于Zenodo。该数据集采用知识共享署名4.0国际许可协议(Creative Commons Attribution 4.0 International),允许在署名前提下使用、共享和改编。具体的引用格式与署名要求,源站未提供进一步说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.16865987

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 3.3 MB。

数据说明

该数据集包含取自15例原发性开角型青光眼(POAG)患者、15例剥脱性青光眼(EXG)患者和10例白内障对照患者的房水样本的蛋白质组学图谱。蛋白质测量使用SOMAscan平台进行,共检测到7,335种人类蛋白质。该ADAT文件可使用SomaLogic提供的SOMAscan网络工具进行分析,也可使用Excel等软件重新分析。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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