健康与黄斑变性人视网膜色素上皮及脉络膜单细胞转录组

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/f8057c47-fcd8-4fcf-88b0-e2f930080f6e

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人视网膜色素上皮（RPE）和脉络膜是复杂的组织，对视网膜起着至关重要的支持作用。影响这些支持组织中的任一部位，在年龄相关性黄斑变性的背景下，都可能导致不可逆的失明。本研究在两个独立实验中，对来自7位人类供体眼的RPE-脉络膜的黄斑区及周边区域进行了单细胞RNA测序。在第一个实验中，评估了总的RPE/脉络膜制备物，并鉴定了RPE及主要脉络膜细胞群体特异性的表达谱。由于脉络膜内皮细胞在总RPE/脉络膜细胞群体中占少数，但在年龄相关性黄斑变性（AMD）的发病机制中起着重要作用，因此进行了第二个单细胞RNA测序实验，使用了通过磁性分离富集的内皮细胞。在这第二项研究中，我们沿着脉络膜血管树识别了基因表达特征，对人类脉络膜毛细血管、动脉和静脉内皮细胞的转录组进行了分类。

我们发现，脉络膜毛细血管高度且特异性地表达细胞周期调节基因（RGCC），该基因响应补体激活并诱导内皮细胞凋亡。此外，在一名被诊断为AMD的供体中，RGCC是脉络膜毛细血管中上调最为显著的基因。这些结果描绘了人类RPE和脉络膜毛细血管转录组的特征，为理解脉络膜毛细血管对补体损伤的反应机制以及年龄相关性黄斑变性中的脉络膜血管疾病提供了潜在见解。疾病：年龄相关性黄斑变性7型、基底膜层状玻璃膜疣、白内障。组织：中央凹、视网膜周边区域。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。