PRJNA945919：犬黄斑视网膜及支持组织基因表达分析及其与人黄斑基因表达谱的比较
该数据集来自NCBI，包含犬黄斑区与上周边区视网膜及视网膜色素上皮/脉络膜的RNA测序数据，测序读段比对至CanFam3.1并分析组织内黄斑与周边区的显著差异表达基因，同时采用类似分析流程与人黄斑基因表达谱进行比较
基本信息
资源简介
PRJNA945919：犬黄斑视网膜及支持组织基因表达分析及其与人黄斑基因表达谱的比较
PRJNA945919 数据集聚焦于犬黄斑视网膜及其支持组织的基因表达分析，并与人类黄斑基因表达谱进行比较。犬是研究人类遗传性视网膜疾病的常用模型，其视网膜含有类似黄斑的区域，因而在遗传病因上与人类黄斑病变存在诸多共享之处。该数据集通过对犬黄斑区和上周边区的视网膜及视网膜色素上皮/脉络膜分别取样进行RNA测序，将测序读段比对至CanFam3.1参考基因组，分析各组织内黄斑与周边区之间的显著差异表达基因，并采用类似分析流程与人类黄斑基因表达数据进行比较，为理解黄斑区基因表达特征及黄斑疾病的分子基础提供转录组层面的数据支持。
【数据集背景】
犬在人类遗传性视网膜疾病研究中被广泛用作模型动物。由于犬视网膜中存在类似黄斑的区域，犬对黄斑病变具有易感性，且许多遗传病因与人类共享。人类黄斑基因表达此前已被表征，为理解黄斑疾病的潜在基础提供了线索。在此背景下，该数据集旨在比较犬与人类的黄斑基因表达谱，并考察黄斑疾病相关基因在黄斑区与周边区之间是否存在差异表达，从而为跨物种的黄斑生物学与疾病机制研究提供依据。
【数据内容】
该数据集属于转录组或基因表达主题，包含对犬黄斑区和上周边区进行RNA测序所获得的数据。采样时对视网膜与视网膜色素上皮/脉络膜分别取样，样本区域大小为8mm。测序读段被比对至CanFam3.1参考基因组，并基于原始读段计数分析各组织内部黄斑区与周边区之间显著差异表达的基因。此外，数据集还涉及采用类似分析流程与人类黄斑基因表达谱进行比较的内容。数据所属分类为眼及附器疾病下的其他类别。
【采集与来源】
该数据集来源于NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），英文名称为“PRJNA945919: Analysis of gene expression in the dog macular retina and supporting tissues: comparison with human macular gene expression profiles”。其生物样本来自犬黄斑区与上周边区的视网膜及视网膜色素上皮/脉络膜组织，采样尺寸为8mm。测序类型为RNA测序，参考基因组为CanFam3.1。关于样本数量、测序平台、建库方法及具体采集地点等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于眼及附器疾病相关研究，尤其是黄斑病变的分子机制探索。由于犬是遗传性视网膜疾病的常用模型，数据可用于比较犬与人类黄斑基因表达谱，识别黄斑区与周边区之间的差异表达基因，并考察黄斑疾病相关基因的表达变化。其转录组数据可为跨物种黄斑生物学研究、疾病候选基因筛选以及视网膜与视网膜色素上皮/脉络膜不同组织层面的表达比较提供参考。关于具体疾病亚型或临床应用的适用性，源站未提供。
【使用方法】
使用该数据集时，可基于已比对至CanFam3.1的测序读段及原始读段计数，按照黄斑区与周边区、视网膜与视网膜色素上皮/脉络膜的分组方式开展差异表达分析。分析流程可参照数据集所采用的显著差异表达基因判定方法，并在与人类黄斑基因表达谱比较时采用类似的分析管线。关于具体的软件参数、统计阈值、标准化方法及数据访问方式，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的测序读段比对至CanFam3.1参考基因组，并基于原始读段计数进行差异表达分析，具备明确的参考基因组和分析流程信息。然而，样本区域为8mm，关于样本重复数、测序深度、数据质量控制指标及潜在批次效应等信息，源站未提供。此外，跨物种比较依赖于人类黄斑基因表达谱的分析管线一致性，相关比较的具体方法与验证情况，源站未提供。使用者在解释差异表达结果时需考虑这些未提供的信息所带来的限制。
【引用与许可】
该数据集来自NCBI，英文名称为“PRJNA945919: Analysis of gene expression in the dog macular retina and supporting tissues: comparison with human macular gene expression profiles”。关于数据集的引用方式、许可协议及使用限制，源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA945919
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
犬类常被用作人类遗传性视网膜疾病的模型。由于犬视网膜包含一个类似黄斑的区域，犬易患与人类具有许多共同遗传病因的黄斑病变。人类黄斑基因表达已被表征，为黄斑疾病的潜在基础提供了见解。我们试图比较犬与人类的黄斑基因表达谱，并探究黄斑疾病相关基因在黄斑与外周之间的差异表达。对犬黄斑区和上外周区的8毫米样本进行了RNA测序，分别采集视网膜和视网膜色素上皮/脉络膜。读取序列比对到CanFam3.1，并分析原始读取计数，以确定每种组织内黄斑与外周之间显著差异表达的基因。使用已发表的人类样本数据集采用了类似的分析流程，以便直接进行犬/人比较。使用Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery鉴定了涉及显著差异表达基因的通路和过程。
狗与人类在黄斑视网膜差异基因表达的程度和方向上具有一致性，多个共享的生物学通路参与了差异表达。在视网膜的支持组织（RPE、脉络膜、巩膜）中，狗与人类之间的相似性较少。许多与狗和人类遗传性视网膜及黄斑疾病相关的基因在黄斑与外周之间呈差异表达。约三分之二与人类年龄相关性黄斑变性相关的基因在至少一种人类组织中呈差异表达，而约一半在至少一种狗组织中呈差异表达。这项工作支持狗黄斑视网膜区域在差异基因表达方面与人类黄斑具有相似性。尽管在狗中尚未描述年龄相关性黄斑病变，但证据支持
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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