PRJNA893551：用TCR转基因小鼠模型追踪Aire在眼免疫耐受中的作用

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA893551

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

大约一半的存在两种免疫耐受途径部分缺陷的小鼠（AireGW/+Lyn-/-小鼠）会自发出现严重的视网膜损伤，这是由于T细胞对Aire调控的视黄醇结合蛋白（IRBP）产生反应所致。对IRBP主要表位特异的CD4+ T细胞进行单细胞T细胞受体（TCR）测序显示，自身抗原特异性TCR具有显著的多样性，并且在患病小鼠中出现了更大的克隆扩增。用扩增的、中等亲和力的IRBP特异性TCR（P2.U2）构建的TCR转基因小鼠表现出强烈但不完全的胸腺细胞阴性选择。这种阴性选择在IRBP-/-小鼠中缺失，在AireGW/+小鼠中则严重缺陷。大多数P2.U2+/-小鼠以及所有P2.U.2+/-AireGW/+小鼠迅速发生视网膜及邻近葡萄膜的炎症（葡萄膜炎）。胸腺中Aire依赖性的IRBP表达也促进了Treg分化，但这种命运决定所对应的微环境很小，提示抗原呈递的差异导致了阴性选择与胸腺Treg分化之间的不同，并且阴性选择在预防视网膜自身免疫病中发挥更强的作用。

总体设计：为了表征自发性自身免疫P2反应的多样性，对来自AireGW/+ Lyn-/-小鼠淋巴结的P2+细胞进行了单细胞TCR测序和mRNA测序，这些小鼠分别患有葡萄膜炎（两个数据集）和未患有葡萄膜炎。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。