人胎儿葡萄膜单细胞测序数据集

该数据集来自 NCBI,对人胎儿葡萄膜组织在受孕后 12 周和 20 周进行单细胞 RNA 测序,构建了全面的细胞图谱。数据覆盖前部葡萄膜(睫状体和虹膜)与后部葡萄膜(脉络膜和视网膜色素上皮)在关键发育阶段的单细胞分辨率特征,可用于研究葡萄膜发育过程及相关疾病机制(来源 ncbi.nlm.nih.g

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1442698: Single-cell sequencing of the human fetal uveal tract

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

人胎儿葡萄膜单细胞测序数据集

该数据集名为 PRJNA1442698: Single-cell sequencing of the human fetal uveal tract,来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),主题标签为 Transcriptome or Gene expression,在本站归类于眼及附器疾病 / 其他。其核心内容是对人胎儿葡萄膜组织在受孕后 12 周和 20 周两个关键发育时间点进行单细胞 RNA 测序,从而构建全面的细胞图谱。该图谱以单细胞分辨率刻画了前部葡萄膜(包括睫状体和虹膜)与后部葡萄膜(包括脉络膜和视网膜色素上皮)在发育关键阶段的细胞组成特征,为研究葡萄膜的发育过程以及相关疾病机制提供了基础性数据资源。整体而言,该数据集将转录组学与眼发育生物学相结合,适用于探索葡萄膜组织在胎儿期细胞层面的分化与成熟规律。

【数据集背景】

葡萄膜是眼球壁的中层结构,包含前部的睫状体和虹膜,以及后部的脉络膜和视网膜色素上皮,在视觉形成和眼内环境维持中具有重要作用。该数据集聚焦于人胎儿葡萄膜组织,选取受孕后 12 周和 20 周两个时间点,这两个阶段被认为是葡萄膜发育的关键时期。通过单细胞 RNA 测序,研究者能够从转录组层面观察不同细胞类型在发育过程中的基因表达特征,进而为理解葡萄膜的正常发育轨迹以及相关疾病的发生机制提供细胞分辨率的基础数据。

【数据内容】

该数据集的核心内容是单细胞 RNA 测序数据,覆盖前部葡萄膜(睫状体和虹膜)与后部葡萄膜(脉络膜和视网膜色素上皮)在受孕后 12 周和 20 周的单细胞分辨率特征。其目标在于生成一份全面的细胞图谱,以刻画上述组织在关键发育阶段的细胞组成与转录组状态。主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明数据主要涉及转录组或基因表达信息。除上述内容外,源站未提供关于细胞数量、测序深度、基因数目、细胞类型注释等更具体的参数。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,数据集英文名称为 PRJNA1442698: Single-cell sequencing of the human fetal uveal tract。根据源站描述,单细胞 RNA 测序是在人胎儿葡萄膜组织上进行的,样本对应受孕后 12 周和 20 周两个发育时间点。数据覆盖前部葡萄膜(睫状体和虹膜)和后部葡萄膜(脉络膜和视网膜色素上皮)。除上述信息外,源站未提供关于样本捐献者信息、伦理审批、具体实验平台、建库方法或测序试剂等细节。

【适用场景】

该数据集可用于研究葡萄膜的发育过程及相关疾病机制。具体而言,借助单细胞分辨率的前部与后部葡萄膜转录组特征,研究者可以探讨睫状体、虹膜、脉络膜和视网膜色素上皮在受孕后 12 周与 20 周之间的细胞组成差异与基因表达变化,从而服务于眼发育生物学和眼及附器疾病相关研究。该数据集在本站归类于眼及附器疾病 / 其他,因此也适合作为眼及附器疾病领域的基础数据资源。除上述用途外,源站未提供关于其他具体应用场景的说明。

【使用方法】

源站未提供关于该数据集具体使用方法的说明,包括数据下载方式、文件格式、分析流程或推荐工具等。使用者如需使用,应参考 NCBI 来源站的相关页面获取进一步信息。

【质量与限制】

源站未提供关于该数据集质量评估或限制条件的说明。该数据集仅覆盖受孕后 12 周和 20 周两个时间点,且仅涉及人胎儿葡萄膜组织,其适用范围受此设计所限。除上述内容外,源站未提供关于数据质量、批次效应、细胞捕获效率或验证实验等信息。

【引用与许可】

源站未提供关于该数据集的引用方式或许可条款的说明。使用者应参考 NCBI 来源站的相关页面以获取引用与许可方面的正式信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1442698

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对受孕后12周和20周的人胎儿葡萄膜组织进行了单细胞RNA测序,以构建全面的细胞图谱。该数据集提供了关键发育阶段前葡萄膜(睫状体和虹膜)与后葡萄膜(脉络膜和视网膜色素上皮)的单细胞分辨率特征,有助于研究葡萄膜的发育及疾病机制。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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