使用Imaris软件filament tracer分析的视网膜神经节细胞形态学分析（3D共聚焦图像）

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Add9dce605811f5a10c15ceedc1083c89c3adfd31ecb59cc078f94cbc9ed7d8c9

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含来自鼹鼠模型Fukomys mechowii和Fukomys anselli视网膜的视网膜神经节细胞（RGCs）的高分辨率三维共聚焦显微图像。原始图像最初以.tif文件格式获取，后转换为.ims格式以便与Imaris软件配合使用。利用Imaris细丝追踪扩展模块追踪RGCs的树突结构，同时单独追踪胞体表面。这些后处理图像是一项研究的一部分，该研究旨在了解这些鼹鼠物种中RGCs的形态计量学特性，并依据其结构特征将其归类为不同集群。将鼹鼠模型Fukomys mechowii和Fukomys anselli的离体视网膜平铺于含磷酸缓冲液的培养皿中，使视网膜神经节细胞（RGC）层朝上，室温下用Millipore滤膜固定。使用落射荧光显微镜，将预标记的神经节细胞用含5%荧光黄溶液的微电极穿刺，并进行离子电渗注入数分钟。每张视网膜最多可染色30个细胞。

随后，将视网膜用甘油和碘化钾封片于载玻片上，并使用Leica共聚焦显微镜进行成像。捕获了RGCs的高分辨率3D图像，并使用Imaris软件的丝状追踪工具追踪了完整的树突树。，# 视网膜神经节细胞的形态计量学分析（3D共聚焦图像），使用Imaris软件的丝状追踪工具进行分析 https://doi.org/10.5061/dryad.pk0p2ngzh ## 数据和文件结构描述 文件和变量 该数据集包含.ims文件，与Imaris软件（9.2或更高版本）兼容。每个文件代表视网膜神经节细胞（RGCs）的3D共聚焦图像，包括树突和胞体的重建。 ### 文件：Data_set_1_morphometric_parameters_of_the_retinal_ganglion_cells_analysed.xlsx **D

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。