FTO/SOCS6-m⁶A轴表观修饰通过调控角质形成细胞功能连接肥胖与特应性皮炎
该数据集来自 NCBI，包含正常人类角质形成细胞（N组）与特应性皮炎患者角质形成细胞（AD组）的 m⁶A 甲基化 RNA 数据
基本信息
资源简介
FTO/SOCS6-m⁶A轴表观修饰通过调控角质形成细胞功能连接肥胖与特应性皮炎
该数据集来自 NCBI，包含正常人类角质形成细胞（N组）与特应性皮炎患者角质形成细胞（AD组）的 m⁶A 甲基化 RNA 数据。总 RNA 经抗 N6-甲基腺苷（m⁶A）抗体免疫沉淀，修饰 RNA 作为 IP 洗脱，未修饰 RNA 作为 Sup 回收；采用双通道芯片但按单通道分析，每个样本代表 IP 或上清。数据以倍数变化 FC ≥ 1.5 或 ≤ 0.5 且 p < 0.05 鉴定差异 m⁶A 甲基化 RNA，可用于研究 FTO/SOCS6-m⁶A 轴在肥胖与特应性皮炎关联中的表观调控作用（来源 ncbi.nlm.nih.gov）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：特应性皮炎是严重的皮肤疾病之一。角质形成细胞作为表皮屏障细胞，是维持皮肤屏障功能的重要组成部分。在本数据集中，我们纳入了从正常人角质形成细胞（N组）和特应性皮炎患者角质形成细胞（AD组）获得的 m⁶A 甲基化 RNA 数据。总体设计：我们使用倍数变化（FC）≥ 1.5 或 ≤ 0.5，且 p < 0.05 生成以下比较，以鉴定差异 m6A 甲基化 RNA。总 RNA 用抗 N6-甲基腺苷（m6A）抗体进行免疫沉淀。修饰的 RNA 从免疫沉淀磁珠上洗脱作为“IP”。未修饰的 RNA 从上清液中回收作为“Sup”。这些样本使用双通道芯片，但数据按单通道分析，因此每个样本代表 IP 或上清液。
【主题与分类】
主题标签：Transcriptome or Gene expression。本站分类：内分泌、营养和代谢疾病/肥胖症。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1372119
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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1372119
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
特应性皮炎是一种严重的皮肤疾病。角质形成细胞作为表皮屏障细胞，是维持皮肤屏障功能的重要组成部分。在本数据集中，我们纳入了从正常人角质形成细胞（N组）和特应性皮炎患者角质形成细胞（AD组）中获得的m⁶A甲基化RNA数据。总体设计：我们使用倍数变化（FC）≥ 1.5或≤ 0.5，且p < 0.05来识别差异m6A甲基化RNA，从而生成以下比较。总RNA用抗N6-甲基腺苷（m6A）抗体进行免疫沉淀。修饰的RNA从免疫沉淀的磁珠上洗脱下来作为“IP”。未修饰的RNA从上清液中回收作为“Sup”。这些样本使用双通道芯片，但数据按单通道分析，因此每个样本代表IP或上清液，样本表中包含归一化信号值。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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