蚊–微孢子虫系统中疾病耐受与环境持续性的宿主转录组特征复现数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5683/SP4/O8LPID

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数据说明

尽管有强有力的理论将寄生虫的生活史与毒力和传播联系起来，但寄生虫策略如何影响宿主反应仍知之甚少。本研究将实验进化与RNA测序相结合，在蚊子–微孢子虫系统冈比亚按蚊–库利卡瓦虫中检验了选择早期或晚期传播的寄生虫谱系在所引发的宿主反应上是否存在差异。早期谱系选自感染早期即死亡的宿主，而晚期谱系选自死亡较晚的宿主，从而产生了在生长、毒力和环境持久性方面存在差异的寄生虫种群。蚊子被感染以进化后的寄生虫谱系，并在共同的产孢阶段取样。相对于未感染的对照组，定义了参考感染反应。早期和晚期选择的寄生虫在宿主基因表达上表现出一致但部分不同的变化。共表达网络分析识别出活性与寄生虫性状（包括毒力和环境持久性）共变的基因模块。

一个富集了组织维持和代谢功能的模块与毒力呈负相关，这与损伤减少相一致。另一个富集了膜和信号传导功能的模块与环境持久性呈正相关，表明传播时的宿主状态可能影响传播阶段发育所处的环境。总之，这些结果识别出了与寄生虫生活史变异相关的不同宿主状态。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。