PXD001063：3T3-L1前脂肪细胞分化过程中cAMP介导信号传导的蛋白质组学分析
脂肪细胞分化的启动由胰岛素/胰岛素样生长因子、糖皮质激素和激活cAMP依赖性信号的因子协同促进。cAMP的作用经PKA和Epac介导，其中PKA至少部分功能与强烈抑制Rho激酶活性相关，而Epac可抵消与完全抑制Rho激酶活性相关的胰岛素/胰岛素样生长因子信号降低
基本信息
资源简介
PXD001063：3T3-L1前脂肪细胞分化过程中cAMP介导信号传导的蛋白质组学分析
PXD001063 数据集围绕 3T3-L1 前脂肪细胞分化启动过程中的 cAMP 介导信号通路展开，采用蛋白质组学分析手段，结合分子生物学方法与生物信息学分析，对 Epac 介导的过程及其与 PKA 之间的相互作用进行了较为全面的评估。该数据集属于内分泌、营养和代谢疾病 / 其他分类，来源于 ebi.ac.uk，主题标签涵盖 cAMP、Epac、脂肪生成以及二维凝胶电泳，并以小鼠（Mus musculus）为研究物种。整体而言，该数据集为理解脂肪细胞分化早期信号事件提供了蛋白质层面的数据支撑。
【数据集背景】
脂肪细胞分化的启动由胰岛素/胰岛素样生长因子、糖皮质激素以及激活 cAMP 依赖性信号的因子协同促进。cAMP 的作用通过 PKA 和 Epac 介导，其中 PKA 至少部分功能与强烈抑制 Rho 激酶活性相关，而 Epac 则可抵消与完全抑制 Rho 激酶活性相关的胰岛素/胰岛素样生长因子信号降低。然而，关于 Epac 依赖性分支的详细知识及其与 PKA 之间的相互作用仍然有限。正是在这一背景下，该数据集所对应的研究对 3T3-L1 前脂肪细胞分化启动过程中 Epac 介导的过程及其与 PKA 的相互作用进行了综合评估。
【数据内容】
该数据集的核心内容是针对 3T3-L1 前脂肪细胞分化启动过程的蛋白质组学分析。研究采用蛋白质组学、分子方法和生物信息学相结合的策略，对 Epac 介导的过程及其与 PKA 的相互作用进行综合评估。蛋白质组学分析揭示了 7 个在特定反应中受到特异性调控的蛋白质。数据集的主题标签包括 cAMP、Epac、脂肪生成和二维凝胶电泳，并涉及小鼠这一物种。除上述内容外，源站未提供更详细的数据内容说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk。其英文名称为“PXD001063: Proteomic analysis of cAMP-mediated signaling during differentiation of 3T3-L1 preadipocytes”。研究以 3T3-L1 前脂肪细胞为对象，关注分化启动过程中 cAMP 介导的信号传导。所涉及的方法组合包括蛋白质组学、分子方法和生物信息学。关于具体的样本采集流程、实验条件、仪器参数等信息，源站未提供。
【适用场景】
基于现有信息，该数据集适用于与脂肪细胞分化启动相关的信号通路研究，尤其是 cAMP 依赖性信号中 PKA 与 Epac 分支及其相互作用的探索。其主题标签涵盖脂肪生成、cAMP 和 Epac，并采用二维凝胶电泳作为蛋白质组学分析手段之一，因此可用于关注前脂肪细胞分化早期蛋白质调控变化的研究场景。此外，由于涉及小鼠物种，也可用于相关动物模型背景下的比较或参考分析。关于更具体的适用场景，源站未提供。
【使用方法】
该数据集涉及蛋白质组学、分子方法和生物信息学相结合的分析策略，并包含二维凝胶电泳相关主题标签。关于数据的具体使用方式、文件格式、分析流程或操作步骤，源站未提供。
【质量与限制】
蛋白质组学分析揭示了 7 个在特定反应中受到特异性调控的蛋白质，这为相关信号过程提供了蛋白质层面的观察结果。然而，关于该数据集的质量评估指标、数据完整性、覆盖范围以及具体限制，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与许可信息，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD001063
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
脂肪细胞分化的启动由胰岛素/胰岛素样生长因子、糖皮质激素以及激活cAMP依赖性信号通路的因子协同作用所促进。cAMP的作用通过PKA和Epac介导，其中PKA功能的至少一部分与Rho激酶活性的强烈抑制有关，而Epac则对抗与Rho激酶活性完全抑制相关的胰岛素/胰岛素样生长因子信号传导的减弱。然而，关于Epac依赖性分支及其与PKA相互作用的详细认识仍然有限。在本研究中，我们采用蛋白质组学、分子方法和生物信息学相结合的方式，对3T3-L1前脂肪细胞分化启动过程中Epac介导的过程及其与PKA的相互作用进行了全面评估。蛋白质组学分析揭示了在分化初始阶段，7种蛋白质响应Epac激活而被特异性调控，4种响应PKA激活，11种响应Epac和PKA的联合激活。
网络分析表明，所鉴定的蛋白质参与了对葡萄糖代谢、肌醇代谢和钙依赖性信号传导至关重要的途径，从而为我们理解cAMP介导的脂肪细胞分化增强机制增添了新的维度。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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