PRJNA731486：银屑病皮肤microRNA谱鉴定11个与疾病严重程度相关的miRNA

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA731486

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数据说明

微小RNA（miRNA）是一类小型非编码RNA，已成为基因表达的核心调控因子和疾病的有力生物标志物。关于其在银屑病病理中的作用，目前仍有许多未知之处。为了全面表征银屑病皮肤的miRNA组，研究人员从银屑病病例（n = 75）和非银屑病对照（n = 57）采集皮肤活检样本并进行RNA测序。计数数据与先前发表的数据集（病例，n = 24；对照，n = 20）进行了荟萃分析，使银屑病病例数量较先前发表的研究增加了四倍。研究比较了银屑病皮损（PP）、银屑病非皮损（PN）和对照（NN）皮肤，进行了差异基因表达分析。此外，还进行了功能富集和细胞特异性分析。在所有对比中，我们鉴定出439个显著差异表达的miRNA（DEM），其中127个为银屑病中新发现的，11个与疾病严重程度相关。荟萃分析在PN与NN之间鉴定出20个DEM，提示银屑病患者所有皮肤在构成上存在固有改变。

通过将miRNA转录组与mRNA靶标相互作用整合，我们识别出若干功能富集的条目，包括“甲状腺激素信号传导”、“胰岛素抵抗”以及多种传染病。细胞特异性表达分析显示，上调的差异表达miRNA（DEMs）在上皮细胞和免疫细胞中富集。本研究提供了迄今为止对银屑病皮肤中miRNA组最全面的概述，并识别出与银屑病严重程度相关的miRNA特征。我们的结果可能揭示了银屑病与相关共病之间的分子联系，并为未来功能研究指明了潜在方向，以识别生物标志物和治疗靶点。总体设计：通过比较银屑病皮损区（PP）、银屑病非皮损区（PN）和对照（NN）皮肤，进行了差异基因表达分析。提交者注：此为敏感人类测序数据，原始数据无法b

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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