PRJNA1304459：FGL2刺激肠神经嵴细胞转录组分析探究先天性巨结肠代谢失调

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1304459

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含来自原代小鼠肠神经嵴细胞（ENCCs）的批量RNA测序数据，这些细胞经纤维蛋白原样蛋白2（FGL2）刺激或以未处理作为对照。ENCCs从胚胎第14–15天的C57BL/6J小鼠中分离，并在限定条件下培养以确保P75和nestin标志物的表达率>95%。FGL2刺激后，提取总RNA，并使用NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina制备测序文库。在Illumina NovaSeq 6000平台上进行双端测序（2 × 150 bp）。本研究旨在识别FGL2在ENCCs中诱导的转录变化和信号通路改变，为FGL2介导的代谢失调在先天性巨结肠症发病机制中的作用提供见解。总体设计：原代ENCCs取自妊娠第14–15天C57BL/6J小鼠胚胎的肠道组织。细胞在完全小鼠ENCC培养基中培养至80–90%汇合度，并经免疫荧光确认>95%的细胞表达P75和nestin。细胞被随机分配至两组：FGL2处理组——用重组FGL2蛋白刺激的ENCCs。

对照组——在相同条件下培养但不添加FGL2的ENCCs。每组包含三个生物学重复。使用TRIzol试剂提取总RNA，并在Agilent 2100 Bioanalyzer上评估RNA质量。富集Poly(A)+ mRNA，片段化并逆转录为cDNA。使用NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit构建文库，并在Illumina NovaSeq 6000上进行双端测序（2 × 150 bp）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。