PRJNA1112875：胰岛素样生长因子2（IGF2）驱动新生儿胸腺指数级扩张

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1112875

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

与所有器官一样，胸腺在发育过程中大小和功能迅速增长，出生后这种增长停止。然而，胸腺这种转变背后的分子机制仍不清楚。通过对小鼠胸腺基质进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），我们发现内皮和间充质在向稳态转变过程中发生了主要的转录组变化。对时间分辨的scRNA-seq数据进行差异表达基因和细胞间网络分析，揭示成纤维细胞来源的胰岛素样生长因子2（IGF2）是驱动新生儿胸腺扩张的候选因子。我们证明IGF2活性促进皮质TEC特异性增殖，并在胸腺生长转变时受到严格调控。对跨越转变期的人胸腺进行bulk RNA-seq也揭示IGF2驱动胸腺扩张，提示其具有进化保守的作用。我们的研究强调了成纤维细胞来源的IGF2在促进cTEC增殖中的作用，导致早期胸腺扩张，随后下调以建立稳态。总体设计：对于我们的时间序列单细胞RNA测序，每个文库使用3个胸腺。

我们合并的scRNAseq数据集包含3日龄（3只Foxn1+/+雄性，3只Foxn1lacZ/lacZ雄性，2只Foxn1+/+雌性，2只Foxn1lacZ/lacZ雌性）、7日龄（2只Foxn1+/+雄性，3只Foxn1lacZ/lacZ雄性）、14日龄（2只Foxn1+/+雄性，2只Foxn1lacZ/lacZ雄性，2只Foxn1+/+雌性，2只Foxn1lacZ/lacZ雌性）的数据集。30日龄（2只Foxn1+/+雄性，3只Foxn1lacZ/lacZ雄性）数据集可在另一篇稿件Xiao*，Kang*等（2025）中获取。GSE264402。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。