GSE302936：单细胞转录组学揭示体内角膜纤维化中的细胞异质性、细胞间通讯与细胞外基质重塑

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE302936

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数据说明

碱烧伤会引起角膜快速重塑，其特征为纤维化、新生血管形成和免疫细胞浸润；然而，驱动这些反应的细胞动力学仍知之甚少。在此，我们首次呈现了兔角膜碱烧伤后第14天的单细胞转录组图谱，捕捉了基质纤维化的细胞与分子结构。对正常及损伤角膜的单细胞RNA测序鉴定出14个转录上 distinct 的细胞群体，包括角膜细胞、EMT样上皮细胞、免疫浸润细胞及异质性成纤维细胞亚型。损伤诱导了ECM重塑型成纤维细胞和免疫细胞的扩增，并伴随广泛的转录重编程。基质亚聚类分析揭示了四种成纤维细胞状态——静息态、活化态、增殖态和祖细胞样态——每种均具有独特的基因特征和功能。伪时间分析揭示了一条从增殖性成纤维细胞向分泌ECM的肌成纤维细胞演变的轨迹，其特征为有丝分裂、基质及收缩程序在特定阶段的激活。

通过CellChat进行的配体-受体推断识别出TGFβ、PDGF、VEGF和FGF通路以及NAMPT和NECTIN等较少为人所知的轴的协调信号传导，提示基质-血管串扰和代谢应激在纤维化进展中的作用。本研究为碱诱导的角膜纤维化提供了全面的细胞框架，并确定了眼表疾病中抗纤维化和抗血管生成干预的可操作靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。