绵羊闭锁卵泡单细胞转录组与卵泡液蛋白质组揭示卵母细胞退化机制

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE268651

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数据说明

背景：在哺乳动物中，雌性生育力由卵泡发育的结局（排卵或闭锁）决定。卵泡闭锁是一个复杂的生理过程，导致卵巢中卵母细胞退化。然而，卵母细胞退化的分子机制及卵泡闭锁的关键蛋白标志物仍不清楚。本研究利用单细胞RNA测序和串联质谱标签蛋白质组学，探讨了闭锁卵泡阶段卵母细胞和卵泡液中复杂的转录调控机制及蛋白质谱。结果：首先，通过对不同卵泡发育阶段的配对分析，我们鉴定了175个闭锁特异性基因和8个候选卵母细胞分泌因子，包括PKG1、YTHDF2和MYC。同时，我们还表征了闭锁卵泡阶段卵母细胞转录景观的独特特征，其表现出细胞死亡相关的转录变化和机制，如自噬（TBK1和IRS4）、坏死性凋亡（PKR）和凋亡（MARCKS）。

此外，我们鉴定出闭锁特异性基因，即FTH1、TF和ACSL4，它们可能通过铁蛋白自噬、铁蛋白转运和脂质代谢等一系列机制参与调控闭锁卵泡中卵母细胞的铁死亡。此外，我们发现了333个差异表达蛋白，它们可能协同调控卵泡闭锁，并揭示了导致卵母细胞退化的关键通路，如血管生成负调控、代谢通路以及转录和mRNA剪接。最后，通过结合转录组和蛋白质组学分析，我们鉴定出两个可能与卵泡闭锁相关的卵母细胞分泌生物标志物，即PGK1和ANGPT2。结论：总之，我们的工作全面表征了绵羊闭锁卵泡中卵母细胞的退化，为建立卵母细胞质量评价体系和理解卵泡闭锁机制提供了基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。