大鼠股四头肌对穴位埋线反应的转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE220191

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：本研究旨在通过RNA-seq和实时定量PCR方法，研究不同穴位埋线处理后大鼠股四头肌在多种分子通路中的反应，并评估用于优化高通量数据分析的方案。方法：利用Illumina HiSeq 4000平台进行测序，设置六重复，生成穴位埋线1组、穴位埋线2组、跑台组和对照组大鼠股四头肌反应的mRNA图谱。使用Cutadapt软件对原始RNA-seq数据进行过滤，以去除接头污染、低质量碱基和未确定碱基。使用Hisat 2.0将过滤后的reads比对并映射到参考基因组。使用SYBR green检测法进行RT-qPCR验证。结果：转录谱分析结果显示，A组与B组之间有346个差异表达基因（DEGs），包括221个上调DEGs和125个下调DEGs。B组与C组之间有363个DEGs，包括144个上调DEGs和219个下调DEGs。

B组与D组之间有458个差异表达基因（DEGs），其中包含248个上调DEGs和210个下调DEGs。通过GO功能注释，这些DEGs被分为三类：细胞组分、生物学过程和分子功能。上述三种功能进一步划分为RNA聚合酶II对转录的正向调控、RNA聚合酶II对转录的负向调控、参与核合成、与细胞质合成、参与细胞外外泌体合成、参与蛋白质结合以及参与金属离子结合等。富集分析后发现，有16条代谢通路显著富集（p<0.05），其中包括化学致癌作用、细胞色素P450对外源物质的代谢、昼夜节律同步、昼夜节律、蛋白质消化与吸收、PPAR S

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。