脂肪库特异性重塑揭示亚洲人群代谢风险

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23228731

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

伴随研究“脂肪库特异性脂肪重塑揭示亚洲人群代谢风险”的人体脂肪组织单核RNA测序（snRNA-seq）处理后数据。数据集概览 物种：智人 组织：脂肪组织 样本：598 细胞核：1,120,221 平台：10x Genomics Chromium GEM-X；在MGI DNBSEQ-T7上测序 处理 读段比对至hg38，并使用Cell Ranger v8.0进行定量。使用Demuxlet分配供体。使用DecontX去除环境RNA，随后进行QC过滤（污染≤50%、线粒体读段≤5%、300–200,000个UMI，以及≥300个检测基因）。供体间和供体内双细胞分别使用Demuxlet和DoubletFinder鉴定。使用scVI整合文库，随后进行PCA、UMAP可视化、Leiden聚类，以及基于经典标志物和Azimuth参考的细胞类型注释。文件 为便于下载和重复使用，整合对象按一级细胞类型注释拆分为15个AnnData文件，每种细胞类型一个。它们共同包含所有通过QC的细胞核。

Adipocyte.h5ad – 脂肪细胞 ASPC.h5ad – 脂肪干细胞与祖细胞 B.h5ad – B细胞 Dendritic.h5ad – 树突状细胞 Endothelial.h5ad – 内皮细胞 IGFBP2plus_cell.h5ad – IGFBP2+细胞 Macrophage.h5ad – 巨噬细胞 Mast.h5ad – 肥大细胞 Mesothelial.h5ad – 间皮细胞 Monocyte.h5ad – 单核细胞 NK.h5ad – 自然杀伤细胞 Pericyte.h5ad – 周细胞 Plasma_cell.h5ad – 浆细胞 SMC.h5ad – 平滑肌细胞 T.h5ad – T细胞 元数据：metadata_snRNA_freeze.tsv.gz – 所有细胞核的单个细胞核元数据（经过文库水平和细胞类型水平质控后），包括细胞类型注释。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。