高海拔适应与鹿鼠免疫反应功能变化数据集

对高海拔环境的适应塑造了整体生物生理学,但对免疫系统的影响相对研究不足。这些数据集、数据处理脚本和分析评估了北美鹿鼠(Peromsycus maniculatus)对高海拔的局部适应是否导致了免疫系统的分化和功能差异

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基因组回归高海拔适应免疫反应鹿鼠LPS挑战发热反应急性期反应脾脏组织
Data for: High elevation adaptation is associated with functional changes in the immune response of deer mice

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

高海拔适应与鹿鼠免疫反应功能变化数据集

本数据集围绕高海拔环境适应与免疫系统功能变化之间的关系展开,研究对象为北美鹿鼠(Peromyscus maniculatus)。高海拔适应会塑造生物整体的生理特征,但其对免疫系统的影响此前研究相对不足。该数据集包含相关数据、数据处理脚本及分析内容,用于评估来自低海拔和高海拔种群的鹿鼠在免疫系统上是否出现分化以及功能差异。研究将不同海拔来源的鹿鼠置于共同花园环境中繁育,并使用脂多糖(LPS,细菌细胞壁成分)进行刺激,收集了发热反应、急性期反应(体重下降和厌食)等数据,同时还采集了表型指标和脾脏组织相关数据。这些材料共同用于分析低海拔与高海拔鹿鼠在免疫应答上的差异。

【数据集背景】

高海拔环境的适应是生物生理学研究的重要议题,能够影响整个生物体的生理状态。然而,免疫系统在这一适应过程中的作用长期受到较少关注。北美鹿鼠作为一种分布于不同海拔区域的物种,为研究局部适应对免疫系统的影响提供了合适对象。该数据集正是针对这一问题,通过比较低海拔和高海拔种群来源的鹿鼠,探索高海拔适应是否伴随免疫系统的分化和功能改变。研究采用共同花园繁育方式,以减少环境差异带来的混淆,并通过LPS刺激模拟细菌感染相关的免疫挑战。

【数据内容】

数据集包含多类内容:一是发热反应数据,即在LPS刺激后连续12天记录的体温变化;二是急性期反应数据,包括体重下降和厌食情况;三是表型指标数据;四是脾脏组织相关数据,来源于相同LPS剂量下的急性刺激实验。此外,数据集还包含数据处理脚本和分析内容,用于支持对上述数据的处理与评估。这些数据共同用于比较低海拔和高海拔来源鹿鼠在免疫应答上的差异。

【采集与来源】

数据来源于search.dataone.org。研究将来自低海拔和高海拔种群的北美鹿鼠在共同花园环境中繁育,随后使用LPS进行刺激。实验收集了LPS刺激后12天内的发热反应和急性期反应数据,并在相同LPS剂量的急性刺激下收集了表型指标和脾脏组织数据。源站描述未提供更详细的采集地点、时间、样本量或具体测量方法。

【适用场景】

该数据集适用于研究高海拔适应与免疫系统功能变化之间关系的场景,尤其是关注局部适应是否导致免疫系统分化和功能差异的分析。也可用于比较不同海拔来源种群在LPS刺激下的发热反应、急性期反应、表型指标和脾脏组织相关特征。此外,附带的数据处理脚本和分析内容可用于复现或扩展相关分析。源站未提供其他具体适用场景。

【使用方法】

数据集包含数据、数据处理脚本和分析内容,使用者可基于这些材料进行免疫应答相关指标的分析。具体使用方法、脚本运行方式、数据格式及分析步骤,源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、样本量、潜在偏差或使用限制的具体说明。

【引用与许可】

源站未提供引用方式或许可信息。

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数据集获取

源站:https://search.dataone.org/view/sha256%3Af32a1652be76001b64a80dcb45a67ffb8a4d3b83385e068fc9bda8407bdedf97

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对高海拔环境的适应塑造了整体生物体的生理机能,但其对免疫系统的影响相对研究不足。这些数据集、数据处理脚本和分析评估了北美鹿鼠(Peromyscus maniculatus)对高海拔的局部适应是否导致了免疫系统的分化和功能差异。来自低海拔和高海拔种群的鹿鼠在共同花园环境中繁殖,并用脂多糖(LPS,细菌细胞壁的一种成分)进行刺激。我们收集了LPS刺激后12天内的发热反应(发烧)和急性期反应(体重减轻和厌食)数据。我们还收集了用相同LPS剂量进行急性刺激后的表型指标和脾脏组织数据。

综合这些数据和分析表明,低海拔和高海拔鹿鼠在对常见挑战的免疫反应上已经发生了分化,这种分化可能对…具有重要意义。# 数据说明:高海拔适应与鹿鼠免疫反应的功能变化相关 数据集DOI:10.5061/dryad.gtht76j0p ## 数据和文件结构描述 取自2个种群(低地和高地)的鹿鼠(Peromyscus maniculatus)接受了细菌免疫挑战(LPS),以引发先天免疫反应。在这些小鼠中,我们通过PIT标签收集体温以评估发热反应,追踪代谢恢复情况(体重变化和食物消耗),分析血清皮质酮,并检查脾脏RNA-seq中的基因差异表达。针对这些参数,将LPS的影响与生理盐水对照组进行了比较。 ### 文件和变量 #### 文件:Cleaned_Temp_Data.csv 描述: 从小鼠收集的体温数据。该文件已使用先前发布的脚本进行清理。 ##### 变量 * Trial:实验轮次(1-4) * Tag.ID:U

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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