糖尿病足溃疡基因计数与表达水平的RNAseq分析

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A226b48336e13a22d9e2d51af714a98ccfb67a052b063913f9c9a58266f1e8f64

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数据说明

本研究通过检测慢性伤口转录组的时间变化，旨在识别愈合与未愈合伤口之间的动态差异。我们收集了人类慢性糖尿病足溃疡患者的伤口组织样本，观察期为12周。部分伤口在观察期内愈合，部分则未愈合。我们采用批量RNA测序分析，以寻找动态模式上的差异。研究于2021年至2022年间招募了17名来自北加州VA医疗中心（加利福尼亚州马瑟）的患者，年龄均在18岁以上，患有糖尿病足溃疡，且4周以上未见改善超过50%。我们对伤口进行了12周的监测，将其分类为“愈合者”或“未愈合者”。在标准护理和清创过程中，我们收集了伤口边缘的组织，并保存在RNALater（Life Tech）中。组织样本经匀浆处理后，使用Quick-RNA Mag Bead试剂盒（Zymo Research）提取总RNA，并通过Agilent Tape Station（Agilent）评估RNA的完整性。为了进行测序，我们使用SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3（Takara Bio）构建了带索引的文库。

这些文库的数量和质量均通过Qubit荧光计和Agilent 2100生物分析仪进行了评估。文库的摩尔浓度在混合前通过qPCR进行了确认。测序过程在Illumina NovaSeq 6000平台上进行，利用了P…，# 糖尿病足溃疡中基因计数和表达水平的RNAseq分析 https://doi.org/10.5061/dryad.2v6wwpzzc ## 主要研究者联系信息：姓名：Rivkah Isseroff 机构：加州大学戴维斯分校 邮箱：rrisseroff@ucdavis.edu ## 数据集概述 2021年至2022年间，在北加州VA医疗中心（加州马瑟）收集了17名糖尿病足溃疡患者的临时伤口组织。对伤口进行了12周的监测，以将其分类为“愈合

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。