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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA612350：肾小球单细胞转录组图谱识别关键细胞类型及损伤反应

PRJNA612350 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学项目，其完整英文标题为“Single-Cell Transcriptome Profiling of the Kidney Glomerulus Identifies Key Cell Types and Reactions to Injury”，中文可理解为“肾小球单细胞转录组图谱识别关键细胞类型及损伤反应”。该项目在分类上归属于内分泌、营养和代谢疾病 / 糖尿病方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，即转录组或基因表达。作为一项围绕肾脏肾小球的单细胞转录组研究，它旨在通过单细胞层面的表达谱分析，刻画肾小球内部的细胞组成，并观察这些细胞在受到损伤时的反应特征。对于关注糖尿病相关肾脏改变、肾小球细胞异质性以及损伤机制的研究者而言，该数据集提供了一个以基因表达为核心的数据入口。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级记录形式，用于汇集与某一项研究计划相关的多种生物数据。按照 NCBI 的说明，一个 BioProject 通常源自单一机构或联合体，并为用户提供一个统一的位置，以便找到该项目所产生的不同类型的数据链接。PRJNA612350 正是这样一个项目记录，其研究主题聚焦于肾脏肾小球的单细胞转录组分析。从标题可以看出，该研究试图通过单细胞转录组图谱来识别肾小球中的关键细胞类型，并揭示这些细胞对损伤作出的反应。由于该数据集被归入内分泌、营养和代谢疾病 / 糖尿病分类，其研究背景可能与糖尿病相关的肾脏病变或代谢紊乱对肾小球的影响有关，但具体的研究假设、疾病模型和实验设计未在已有信息中展开。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据属于转录组或基因表达范畴。项目标题进一步指出，数据内容涉及肾小球的单细胞转录组图谱，意味着数据可能包含单个细胞的基因表达信息，并用于区分肾小球内的不同细胞类型。然而，关于具体的细胞类型数量、测序平台、样本数量、基因数量、表达矩阵格式等细节，源站未提供。该 BioProject 记录本身是一个项目汇总入口，用户可以通过它找到与该项目相关的多种数据类型，但具体的数据文件构成和内容范围未在已有信息中说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体记录为 NCBI BioProject（ID 612350）。BioProject 记录通常由项目提交者或相关机构创建，用于组织与某一研究计划相关的生物数据。该项目的英文标题和主题标签已明确，但关于样本采集地点、采集时间、物种来源、组织处理方式、测序机构等采集与来源细节，源站未提供。用户如需了解更具体的来源信息，应访问 NCBI BioProject 页面查看项目详情及关联数据。

【适用场景】

基于其分类和主题标签，该数据集适用于与肾脏肾小球、单细胞转录组、基因表达、细胞类型鉴定以及损伤反应相关的研究场景。具体而言，可能用于探索肾小球内不同细胞群体的表达特征，比较损伤条件下细胞状态的变化，或为糖尿病相关肾脏研究提供转录组层面的参考。此外，由于该记录属于 BioProject，它也可作为查找该项目下多种数据类型的入口，帮助用户定位原始数据、分析结果或其他关联资源。但需注意，该数据集是否直接适用于临床诊断、药物开发或特定疾病模型，源站未提供明确说明。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，用户可通过来源站 ncbi.nlm.nih.gov 访问 ID 612350 对应的页面。BioProject 记录的设计目的是为用户提供一个单一位置，以找到该项目产生的不同类型数据的链接。因此，使用方法通常包括：访问该 BioProject 页面，查看项目描述、主题标签以及关联数据链接，进而根据需要下载或浏览相关转录组数据。关于具体的数据下载格式、分析工具、预处理步骤或代码示例，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库中的项目记录。其标题和主题标签提供了基本的研究方向信息，但关于数据质量指标、测序深度、细胞捕获效率、批次效应、注释完整性等质量相关参数，源站未提供。此外，该记录本身是项目级汇总，不直接等同于经过统一处理的分析数据集，用户在使用时可能需要结合关联的原始数据或分析结果进行判断。由于缺乏具体的样本量、实验设计和验证信息，无法对该数据集的适用范围和结论强度做出进一步评估。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息，源站未提供。用户在使用该 BioProject 记录及其关联数据时，应参考 NCBI 网站上的通用使用政策以及项目页面可能列出的具体说明。如需引用，建议直接访问 NCBI BioProject 页面获取准确的引用格式和许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE146912

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA612350

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：肾小球是一种特化的毛细血管床，参与尿液生成和血压调控。肾小球损伤是慢性肾脏病的主要原因，而慢性肾脏病是一种广泛流行的疾病，目前尚无治疗选择。单细胞转录组学极大地提高了我们表征复杂器官（如肾脏）的能力。然而，由于肾小球细胞数量稀少且难以处理，在以往的单细胞肾脏研究中，这些细胞在很大程度上被低估了。方法：我们采用单细胞RNA测序技术，全面表征了健康小鼠及四种不同疾病模型（肾毒性血清肾炎、糖尿病、多柔比星毒性、CD2AP缺陷）肾小球中不同类型的细胞。结果：通过无监督聚类分析，我们鉴定了肾小球中的所有细胞类型。我们发现了系膜细胞、入球和出球小动脉的血管平滑肌细胞、壁层上皮细胞以及三种不同类型内皮细胞的新标记基因和基因特征。

疾病模型分析揭示了肾小球中细胞类型特异性和损伤类型特异性的反应，包括肾毒性免疫损伤后足细胞中Hippo通路的急性激活。结论：我们已生成健康和受损小鼠肾脏肾小球的全面高分辨率单细胞转录组图谱。该数据集为识别新的疾病相关基因和通路提供了有用的资源。总体设计：对对照组小鼠和四种不同肾小球损伤模型的肾小球细胞进行单细胞RNA测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别