基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

人类内脏脂肪组织跨代谢疾病状态单核与批量转录组图谱，识别THBS1为纤维炎症驱动因子

该数据集为 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目，编号为 1508875，英文名称为“Single-nucleus and bulk transcriptomic atlas of human visceral adipose tissue across metabolic disease states identifies THBS1 as a fibro-inflammatory driver”。从名称可以看出，该项目围绕人类内脏脂肪组织展开，覆盖不同代谢疾病状态，采用单核转录组与批量转录组两种技术路线构建图谱，并将 THBS1 识别为与纤维化和炎症相关的驱动因子。数据集在分类上归属于内分泌、营养和代谢疾病，并与糖尿病方向相关，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据类型为转录组或基因表达信息。该资源来源于 ncbi.nlm.nih.gov，适合关注代谢疾病、脂肪组织生物学以及转录组研究的人员参考使用。

【数据集背景】

该项目聚焦于人类内脏脂肪组织在代谢疾病状态下的转录组特征。内脏脂肪组织是代谢调控的重要部位，其纤维化和炎症改变与代谢紊乱密切相关。通过跨代谢疾病状态的样本设计，项目试图从单核与批量两个层面刻画脂肪组织的细胞组成和基因表达变化，并进一步锁定 THBS1 作为纤维炎症驱动因子。这一背景使其与内分泌、营养和代谢疾病以及糖尿病研究直接相关。

【数据内容】

数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其内容属于转录组或基因表达数据。项目名称表明数据包括单核转录组和批量转录组两类图谱，覆盖人类内脏脂肪组织在不同代谢疾病状态下的样本。项目还涉及对 THBS1 的识别，将其与纤维炎症驱动作用相关联。除上述信息外，源站未提供更细的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1508875。BioProject 是围绕单一研究计划或联盟收集生物数据的记录，为用户提供查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。该项目的具体采集地点、样本数量、人群特征、测序平台及处理流程等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于代谢疾病与脂肪组织转录组研究相关场景，例如探索人类内脏脂肪组织在不同代谢疾病状态下的基因表达差异、细胞类型组成变化，以及 THBS1 在纤维化和炎症过程中的潜在作用。也可作为糖尿病及内分泌、营养和代谢疾病方向中转录组数据分析的参考资源。具体适用分析类型需结合源站提供的原始数据与元数据判断，源站未提供更详细的适用建议。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录形式提供，用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问项目编号 1508875，并借助 BioProject 记录查找该项目关联的多种数据类型。关于数据下载方式、文件格式、分析流程及软件工具等具体使用说明，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开生物项目记录。其质量与限制取决于原始研究的设计与数据生成过程，源站未提供具体的质量控制指标、样本量、批次效应评估或验证结果。使用时应结合原始数据及项目关联信息自行评估适用性。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 1508875。关于引用方式、许可条款及使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE342773

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1508875

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

脂肪组织的细胞复杂性在代谢性疾病的发病机制中起着关键作用；然而，脂肪功能障碍的机制仍知之甚少。在此，我们构建了来自一个种族同质、代谢状态明确的队列（糖耐量正常的瘦者、肥胖者以及肥胖合并2型糖尿病患者）的人内脏脂肪组织的单核和批量转录组图谱。单核RNA测序（snRNA-seq）揭示了一个以THBS1高表达为特征的脂肪干细胞和脂肪细胞的纤维炎症亚群，与瘦对照组相比，该亚群在肥胖个体及肥胖合并2型糖尿病个体中富集。通过互补的体外、离体和体内实验，我们证明THBS1通过巨噬细胞介导的TGFbeta激活促进脂肪纤维化和炎症，损害脂肪生成和脂肪细胞功能。抑制THBS1可减轻代谢功能障碍脂肪组织中的纤维炎症特征。

总体而言，该数据集提供了跨越不同代谢疾病状态的人内脏脂肪组织的细胞图谱，并确定THBS1为关键的致病驱动因素和潜在的治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别