PRJNA1490432:糖尿病db/db小鼠分离肾小球中基于单细胞RNA测序鉴定新型足细胞损伤相关基因
研究利用单细胞 RNA 测序技术,对糖尿病 db/db 小鼠分离的肾小球进行分析,以鉴定与足细胞损伤相关的新型基因。数据覆盖糖尿病肾病相关的基因表达信息,可用于探索足细胞损伤机制、筛选潜在标志物及研究糖尿病肾病的分子病理过程(来源 NCBI)
![PRJNA1490432: Single-cell RNA sequencing-based identification of novel podocyte injury-associated genes from isolated glomeruli of diabetic db/db mice [scRNA-seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/98135.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1490432:糖尿病db/db小鼠分离肾小球中基于单细胞RNA测序鉴定新型足细胞损伤相关基因
PRJNA1490432 是一个聚焦糖尿病肾病分子机制的单细胞转录组研究项目,全称为“Single-cell RNA sequencing-based identification of novel podocyte injury-associated genes from isolated glomeruli of diabetic db/db mice”。该研究以糖尿病 db/db 小鼠为模型,从其分离的肾小球出发,利用单细胞 RNA 测序技术,旨在鉴定与足细胞损伤相关的新型基因。项目归属于内分泌、营养和代谢疾病中的糖尿病方向,主题标签为转录组或基因表达。整体而言,该数据集提供了糖尿病状态下肾小球细胞层面的基因表达信息,可用于探索足细胞损伤机制、筛选潜在标志物,并研究糖尿病肾病的分子病理过程。
【数据集背景】
糖尿病肾病是糖尿病常见的微血管并发症之一,足细胞损伤在其发生发展中具有重要地位。db/db 小鼠是常用的糖尿病模型,其肾小球可反映糖尿病状态下的病理与分子改变。该项目正是围绕这一背景,尝试通过单细胞 RNA 测序,从分离的肾小球中识别与足细胞损伤相关的新基因,从而为理解糖尿病肾病的分子机制提供数据基础。项目由 NCBI BioProject 收录,编号为 1490432。
【数据内容】
该数据集的核心内容是单细胞 RNA 测序数据,来源于糖尿病 db/db 小鼠分离的肾小球。其研究目标为鉴定足细胞损伤相关的新型基因,数据覆盖糖尿病肾病相关的基因表达信息。主题标签表明其属于转录组或基因表达范畴。除此之外,关于样本数量、测序平台、细胞数目、基因数量、分析流程等具体细节,源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,以 BioProject 形式组织。BioProject 是围绕某一研究计划收集的生物数据集合,通常来自单一机构或联合体,并为用户提供查找该项目所产生多种数据类型链接的统一入口。该项目记录即属于此类,用于汇集与单细胞 RNA 测序相关的数据。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息以及实验操作细节,源站未提供。
【适用场景】
基于其研究目标与数据类型,该数据集适用于探索足细胞损伤机制、筛选潜在标志物以及研究糖尿病肾病的分子病理过程。具体而言,可用于分析糖尿病 db/db 小鼠肾小球中不同细胞的基因表达特征,寻找与足细胞损伤相关的新基因,并为进一步的功能验证和机制研究提供候选靶点。其主题标签也表明,该数据可用于转录组或基因表达相关的研究场景。
【使用方法】
该数据集以 BioProject 记录形式提供,用户可通过 NCBI BioProject 入口查找该项目所链接的多种数据类型。由于源站未提供具体的下载方式、文件格式、分析工具或操作步骤,实际使用时应以 NCBI BioProject 页面所提供的信息为准。对于单细胞 RNA 测序数据的常规分析,如质控、比对、细胞聚类、差异表达分析等,需结合相应工具进行,但本数据集是否包含原始数据或处理后数据,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject,属于公共数据库收录的项目记录。其质量与限制取决于原始研究的设计与数据生成过程,但关于数据质量评估指标、批次效应、测序深度、细胞捕获效率等具体信息,源站未提供。此外,该研究基于糖尿病 db/db 小鼠模型,其结果向人类糖尿病肾病的转化需谨慎对待。关于数据的完整性、准确性及潜在偏差,源站未提供进一步说明。
【引用与许可】
该数据集的源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目编号为 1490432。关于引用方式、许可条款、使用限制以及是否允许再分发等具体信息,源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 页面及相关数据记录中的说明,并遵循相应的数据使用规范。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
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使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1490432
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
足细胞损伤是糖尿病肾病(DKD)进展的关键驱动因素。由于足细胞在全肾单细胞RNA测序数据集中代表性不足,我们对糖尿病db/db小鼠和对照db/m小鼠的分离肾小球进行了单细胞RNA测序,以生成以肾小球为重点的转录组数据集。糖尿病肾小球显示足细胞丰度减少和广泛的转录重塑。将这一体内数据集与暴露于糖尿病刺激的培养人足细胞的体外分析相结合,确定了OPCML、ADM、NELL2和DHRS3为与糖尿病足细胞损伤相关的候选基因。这些发现表明OPCML、ADM和DHRS3是足细胞损伤的新介质,也是DKD的潜在治疗靶点。
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