PRJNA1364027:2型糖尿病免疫代谢内型定义不同临床轨迹 [scRNA-seq II]

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1364027),主题为“免疫代谢内型定义2型糖尿病的不同临床轨迹”,属于单细胞RNA测序(scRNA-seq)第二部分

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1364027: Immunometabolic Endotypes Define Distinct Clinical Trajectories in Type 2 Diabetes [scRNA-seq II]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1364027:2型糖尿病免疫代谢内型定义不同临床轨迹 [scRNA-seq II]

该数据集在 NCBI BioProject 中的编号为 1364027,英文名称为“PRJNA1364027: Immunometabolic Endotypes Define Distinct Clinical Trajectories in Type 2 Diabetes [scRNA-seq II]”。从名称可以看出,该数据集围绕“免疫代谢内型定义2型糖尿病的不同临床轨迹”这一主题展开,属于单细胞RNA测序(scRNA-seq)研究的第二部分。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,本站分类归入内分泌、营养和代谢疾病下的糖尿病方向。整体而言,这是一个来源于 NCBI BioProject 的转录组或基因表达相关数据集,聚焦于2型糖尿病中免疫代谢内型与临床轨迹之间的关系,适合关注糖尿病分子分型、单细胞转录组以及免疫代谢机制的研究人员参考。

【数据集背景】

该数据集所对应的 BioProject 记录来自 NCBI。BioProject 是围绕某一项单一研究计划而组织的生物数据集合,通常由单一机构或联合体发起。一个 BioProject 记录为用户提供一个统一的入口,用以查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的主题为“免疫代谢内型定义2型糖尿病的不同临床轨迹”,并明确标注为单细胞RNA测序(scRNA-seq)的第二部分。这意味着该研究试图从免疫代谢的角度对2型糖尿病进行内型划分,并进一步观察不同内型是否对应不同的临床发展轨迹。此类研究背景通常与糖尿病的异质性、精准分型以及潜在机制探索相关。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。结合名称中的“scRNA-seq II”,可以确认该数据集涉及单细胞RNA测序数据,并且是相关研究中的第二部分。单细胞RNA测序通常用于在单个细胞水平上测量基因表达,从而揭示细胞类型、状态及其异质性。该数据集的具体样本数量、细胞数量、测序平台、基因覆盖度、数据文件格式与大小等信息,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,具体记录为 NCBI BioProject(ID 1364027)。源站标题显示为“Immunometabolic Endotypes Define Distinct Clinical... (ID 1364027) - BioProject - NCBI”。关于样本采集地点、采集时间、受试者来源、伦理审批信息、组织类型或具体实验流程等细节,源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集适用于与2型糖尿病免疫代谢内型、临床轨迹、单细胞转录组及基因表达相关的研究场景。例如,可用于探索不同免疫代谢内型在单细胞水平上的表达特征,或用于比较2型糖尿病不同临床轨迹之间的转录组差异。由于该数据集属于 scRNA-seq 研究的第二部分,也可能适合与同一项目的其他部分联合分析。具体适用分析类型、可支持的统计方法或可验证的生物学假设,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录(ID 1364027)进行访问。用户通常可以在 BioProject 页面中找到该项目所关联的多种数据类型链接。关于具体的数据下载方式、文件组织格式、是否需要专用分析流程、是否提供原始数据或处理后数据、是否有配套代码或元数据表等信息,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject,属于公共生物数据资源。其质量与限制取决于原始研究的设计、样本处理、测序深度及数据分析流程等因素。关于该数据集的具体质量控制指标、批次效应、样本量、重复性、潜在偏倚、数据完整性或使用限制等信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集对应的 BioProject 记录编号为 1364027,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、是否允许再分发或商业使用等信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1364027

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

2型糖尿病(T2D)表现出显著的异质性,然而当前的分类并未充分体现其免疫复杂性。在此,我们提供了来自新诊断T2D患者的循环CD14⁺单核细胞(bulk RNA-seq)和外周血单个核细胞(PBMCs,单细胞RNA-seq)的转录组数据集。利用中性粒细胞、淋巴细胞和单核细胞计数,通过无监督聚类将患者分为四种免疫内型:重度炎症性糖尿病(SIND)、轻度炎症性糖尿病(MIND)、淋巴细胞丰富型糖尿病(LYRD)和淋巴细胞缺陷型糖尿病(LYDD)。Bulk和单细胞转录组分析揭示了内型特异性的免疫特征,包括SIND中CCR2hi和CD39hi经典单核细胞的选择性扩增、与趋化性和髓系激活相关的单核细胞状态的富集,以及适应性免疫程序的改变。这些特征受到IL-1β拮抗和减重手术诱导缓解的调节。该数据集为探索T2D的免疫异质性提供了资源。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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