PRJNA1364026:2型糖尿病的免疫代谢内型定义不同临床轨迹 [scRNA-seq I]
该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1364026),主题为“免疫代谢内型定义2型糖尿病的不同临床轨迹”,属于 scRNA-seq I 部分,主题标签为 Transcriptome or Gene expression,本站归类于内分泌、营养和代谢疾病下的糖尿病
![PRJNA1364026: Immunometabolic Endotypes Define Distinct Clinical Trajectories in Type 2 Diabetes [scRNA-seq I]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/124132.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1364026:2型糖尿病的免疫代谢内型定义不同临床轨迹 [scRNA-seq I]
该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项单细胞转录组研究项目,编号 1364026,英文名称为“PRJNA1364026: Immunometabolic Endotypes Define Distinct Clinical Trajectories in Type 2 Diabetes [scRNA-seq I]”。从标题可以看出,该研究聚焦于免疫代谢内型与 2 型糖尿病临床轨迹之间的关系,并以单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)作为主要技术手段,本条目对应其中的 scRNA-seq I 部分。数据主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,在分类上归属于内分泌、营养和代谢疾病领域下的糖尿病方向。该数据集为研究者了解 2 型糖尿病在免疫代谢层面的异质性提供了转录组层面的数据资源。
【数据集背景】
2 型糖尿病是一种高度异质性的代谢性疾病,不同患者在发病机制、疾病进展速度以及并发症风险方面存在显著差异。近年来,随着单细胞测序技术的发展,研究者开始从免疫细胞与代谢状态交互的角度重新审视糖尿病的分型问题。该 BioProject 项目以“免疫代谢内型定义 2 型糖尿病的不同临床轨迹”为主题,试图通过单细胞转录组数据刻画不同患者群体在免疫代谢层面的特征,进而与其临床轨迹建立关联。该数据集作为该项目中 scRNA-seq I 部分,属于整个研究计划中单细胞转录组数据的一个组成部分。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其内容围绕转录组或基因表达数据展开。结合数据集名称中的“scRNA-seq I”可知,该部分数据属于单细胞 RNA 测序类型,用于在单细胞分辨率下获取基因表达信息。数据来源于 NCBI BioProject 数据库,项目编号为 1364026。关于样本数量、测序平台、细胞数目、基因数目、分析流程等具体技术细节,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,收录于 NCBI BioProject 数据库。BioProject 是围绕某一项研究计划或倡议所组织的生物数据集合,通常由单一机构或联合体发起,并为用户提供统一入口,以便查找该项目所产生的多种类型数据。该项目的源站标题为“Immunometabolic Endotypes Define Distinct Clinical... (ID 1364026) - BioProject - NCBI”。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、受试者来源等具体内容,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与 2 型糖尿病免疫代谢机制相关的转录组研究场景,尤其是需要在单细胞水平上探索免疫细胞与代谢状态关联的分析工作。研究者可将其用于免疫代谢内型的识别与验证、不同临床轨迹相关的基因表达特征挖掘,以及与其他单细胞转录组数据集的整合比较分析。此外,该数据集也可作为内分泌与代谢疾病领域中糖尿病相关转录组研究的参考数据资源。关于该数据集是否适用于特定分析流程或特定疾病亚型,源站未提供。
【使用方法】
该数据集通过 NCBI BioProject 数据库对外发布,用户可访问 ncbi.nlm.nih.gov 上对应的 BioProject 记录(ID 1364026)获取项目入口信息,并通过该入口查找该项目关联的各类数据。关于数据下载方式、文件格式、预处理步骤、分析工具推荐等具体操作信息,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库,属于公共生物数据资源。关于数据质量评估指标、测序深度、细胞过滤标准、批次效应处理情况、数据完整性程度等具体信息,源站未提供。使用者在将该数据集应用于研究时,应结合项目原始记录及关联数据自行评估其适用性与局限性。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“Immunometabolic Endotypes Define Distinct Clinical... (ID 1364026) - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用格式、许可协议、使用条款及数据共享政策等具体信息,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
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使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1364026
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
2型糖尿病(T2D)表现出显著的异质性,然而当前的分类并未充分体现其免疫复杂性。在此,我们提供了来自新诊断T2D患者的循环CD14⁺单核细胞(bulk RNA-seq)和外周血单个核细胞(PBMCs,单细胞RNA-seq)的转录组数据集。利用中性粒细胞、淋巴细胞和单核细胞计数,通过无监督聚类将患者分为四种免疫内型:重度炎症性糖尿病(SIND)、轻度炎症性糖尿病(MIND)、淋巴细胞丰富型糖尿病(LYRD)和淋巴细胞缺陷型糖尿病(LYDD)。Bulk和单细胞转录组分析揭示了内型特异性的免疫特征,包括SIND中CCR2hi和CD39hi经典单核细胞的选择性扩增、与趋化性和髓系激活相关的单核细胞状态的富集,以及适应性免疫程序的改变。这些特征受到IL-1β拮抗和减重手术诱导缓解的调节。该数据集为探索T2D的免疫异质性提供了资源。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失?
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