PRJNA1080538：BGN 通过上调周细胞 CXCL12 表达促进视网膜病理性血管生成（人）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1080538

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数据说明

视网膜病理性血管生成(PA)是增殖性视网膜病变的共同特征，包括年龄相关性黄斑变性(AMD)、增殖性糖尿病视网膜病变(PDR)和早产儿视网膜病变(ROP)。PA的机制复杂且尚未完全明了。以氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠为模型，研究了细胞外基质(ECM)蛋白双糖链蛋白聚糖(BGN)在PA中的作用。研究发现，OIR小鼠视网膜和PDR患者新生血管增殖膜中BGN显著上调。通过Bgn特异性小干扰RNA(siRNA)降低BGN表达，可有效减轻OIR小鼠的视网膜PA。随后对来自Gene Expression Omnibus数据集(GSE150703)的小鼠OIR视网膜单细胞RNA测序数据进行分析，提示周细胞是BGN的来源。这一发现通过培养的视网膜毛细血管周细胞得到了验证。周细胞中BGN的表达对缺氧刺激高度敏感。BGN通过上调C-X-C基序趋化因子配体12(CXCL12)刺激视网膜PA。抑制CXCL12-CXCR4轴可有效减轻OIR小鼠的PA。

总之，本研究证明了BGN在视网膜PA中的促进作用，确定了BGN与CXCL12表达之间的联系，并进一步强调了周细胞在视网膜PA中的作用。总体设计：为了研究周细胞来源的BGN在视网膜PA中的作用，比较了在缺氧条件下处理24小时的HRMVPCs中，接受BGN特异性siRNA或对照siRNA处理的基因表达变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。