疾病分层激光捕获显微切割人胰岛的比较定量蛋白质组学分析

数据集获取（Figshare）

• 源站标题：Comparative quantitative proteomic analysis of disease stratified laser captured microdissected human islets identifies proteins and pathways potentially related to type 1 diabetes
• DOI：10.1371/journal.pone.0183908
• 发布日期：2017-09-06
• 文件数：8 个
• 文件总体积：28.93 MB
• 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Comparative_quantitative_proteomic_analysis_of_disease_stratified_laser_captured_microdissected_human_islets_identifies_proteins_and_pathways_potentially_related_to_type_1_diabetes/5381779

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curl -L -o "S2 Table.xlsx" "https://ndownloader.figshare.com/files/9268591"
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curl -L -o "S5 Table.xlsx" "https://ndownloader.figshare.com/files/9268642"
curl -L -o "S6 Table.xlsx" "https://ndownloader.figshare.com/files/9268651"

文件清单

• S1 Fig.tif（27.51 MB）
• S2 Fig.tif（20.99 KB）
• S1 Table.docx（14.53 KB）
• S2 Table.xlsx（13.10 KB）
• S3 Table.xlsx（15.21 KB）
• S4 Table.xlsx（1.33 MB）
• S5 Table.xlsx（17.13 KB）
• S6 Table.xlsx（11.51 KB）

文件总体积 28.93 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

1型糖尿病（T1D）是一种慢性炎症性疾病，其特征是自身免疫破坏产生胰岛素的胰腺β细胞。本研究的目的是识别新的蛋白质特征，以区分来自T1D患者的胰岛、无糖尿病症状但自身抗体阳性的患者以及无疾病证据的个体。研究采用高分辨率高质量精度无标记定量质谱分析技术，对通过激光捕获显微切割从糖尿病胰腺器官捐赠者网络（nPOD）中按疾病分层的人胰腺组织分离出的胰岛进行分析，这些样本包括无糖尿病捐赠者、无糖尿病但具有T1D相关自身抗体的捐赠者以及T1D捐赠者。与无疾病组相比，自身抗体阳性病例中有39种蛋白质表达差异显著，其中25种上调，14种下调。与无疾病对照组相比，T1D病例中有63种蛋白质表达差异显著，其中24种上调，39种下调。

我们已经鉴定出功能注释富集的基因家族以及多个蛋白质-蛋白质相互作用簇，这些蛋白质参与可能在T1D中发挥作用的生物学和分子过程。在T1D病例中上调的蛋白质包括S100A9、S100A8、REG1B、REG3A和C9等。这些蛋白质具有重要的生物学功能，如炎症、代谢调节和自身免疫，所有这些通路都与T1D的发病机制相关。所鉴定出的蛋白质可能参与T1D的发生和发展。我们在T1D胰腺中独特上调的新蛋白质的发现，为进一步研究提供了动力，这些研究将聚焦于它们在β细胞/胰岛中的表达谱，以评估其在疾病发病机制中的作用。其中一些分子可能成为T1D的新治疗靶点。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0183908（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Comparative_quantitative_proteomic_analysis_of_disease_stratified_laser_captured_microdissected_human_islets_identifies_proteins_and_pathways_potentially_related_to_type_1_diabetes/5381779）。