MGYS00005791:EMG生成的PRJNA385949数据集TPA宏基因组组装(IBD患者与对照的纵向粪便研究)
主题标签:宏基因组、鸟枪法测序、序列组装、粪便菌群、炎症性肠病、消化系统疾病、纵向分析、第三方注释。本站分类:消化系统疾病/炎症性肠病

基本信息
资源简介
MGYS00005791:EMG生成的PRJNA385949数据集TPA宏基因组组装(IBD患者与对照的纵向粪便研究)
主题标签:宏基因组、鸟枪法测序、序列组装、粪便菌群、炎症性肠病、消化系统疾病、纵向分析、第三方注释。本站分类:消化系统疾病/炎症性肠病
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):第三方注释(Third Party Annotation,TPA)组装体源自原始全基因组鸟枪法(WGS)数据集 PRJNA385949,并使用 metaSPAdes v3.12.0 组装。该项目包含来自以下生物群系的样本:root:Host-associated:Human:Digestive system:Large intestine:Fecal。
【主题与分类】
主题标签:宏基因组、鸟枪法测序、序列组装、粪便菌群、炎症性肠病、消化系统疾病、纵向分析、第三方注释。本站分类:消化系统疾病/炎症性肠病。
【获取与许可】
源站页面:https://ebi.ac.uk/metagenomics/studies/MGYS00005791
下载信息
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暂未开放公开下载
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/metagenomics/studies/MGYS00005791
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
第三方注释(Third Party Annotation,TPA)组装体源自原始全基因组鸟枪法(WGS)数据集 PRJNA385949,并使用 metaSPAdes v3.12.0 组装。该项目包含来自以下生物群系的样本:root:Host-associated:Human:Digestive system:Large intestine:Fecal。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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