H. pylori 26695 菌株冷冻电镜断层扫描数据集
该数据集包含了幽门螺杆菌26695菌株的冷冻电子显微镜断层扫描倾斜系列图像数据，属于三维生物成像模态，详细记录了样品的制备、生长条件和电镜采集参数，主要应用于微生物结构生物学研究，特别是用于解析幽门螺杆菌的超微结构和其IV型分泌系统等大分子复合物的三维结构，以深入理解其致病机制和辅助抗菌药物开发。
基本信息
资源简介
H. pylori 26695 菌株冷冻电镜断层扫描数据集
【一句话概览】
该数据集为幽门螺杆菌26695菌株的冷冻电子断层扫描倾斜系列，于2013年11月24日采集。样品经20纳米金/DNA偶联物孵育40分钟，采用单轴倾斜，范围-60°至60°，步长1°，总剂量210 eV/Ų，离焦-10微米，放大22500倍，使用Caltech Polara显微镜和UCSFTomo软件采集，Raptor处理。细胞在BLBB加10%热灭活胎牛血清、37度微需氧条件下培养2天，OD600为0.4（来源 data.caltech.edu）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《H. pylori 26695》。
【数据内容】
源站原始描述：Grid box YWC051Incubated with 20 nm gold/DNA conjugate for 40 min Technical info Tilt Series Date: 2013-11-24 Data Taken By: Yi-Wei Chang Species / Specimen: Helicobacter pylori Strain: 26695 Tilt Series Settings: Single Axis, tilt range: (-60.0°, 60.0°), step: 1.0°, constant angular increment, dosage: 210.0 eV/Ų, defocus: -10.0 μm, magnification: 22500x. Microscope: Caltech Polara Acquisition Software: UCSFTomo Upload Method: pipeline Processing Software Used: Raptor Collaborators and Roles: Ce…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：网格盒 YWC051 与 20 nm 金/DNA 偶联物孵育 40 分钟 技术信息 倾斜系列 日期：2013-11-24 数据采集者：Yi-Wei Chang 物种/样本：幽门螺杆菌 菌株：26695 倾斜系列设置：单轴，倾斜范围：(-60.0°, 60.0°)，步长：1.0°，恒定角度增量，剂量：210.0 eV/Ų，离焦：-10.0 μm，放大倍数：22500x。 显微镜：Caltech Polara 采集软件：UCSFTomo 上传方法：pipeline 使用的处理软件：Raptor 合作者及角色：细胞由 Lee Rettberg 制备 纯化/生长条件/处理：细胞在 BLBB + 10% 热灭活胎牛血清中，于 37 度、微需氧 chamber 中，使用 GasPak EZ Campy Sachets 生长 2 天，OD600=0.4 样品制备：Vitrobot 设置：100% 湿度，3µl 样品，10 nm BSA 处理金。-3 偏移，3 秒印迹时间，无排液。乙烷/丙烷混合物。 网格：QF Cu R2/2 200 ycw2013-11-24-12_slicer17936.jpg：cag T4SS wi fi 颗粒
【主题与分类】
主题标签：Helicobacter pylori、26695、Single Axis、Caltech Polara、UCSFTomo、pipeline、Raptor、Tilt Series、Tomography。
【获取与许可】
源站页面：https://data.caltech.edu/doi/10.22002/nkvy5-6x187
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://data.caltech.edu/doi/10.22002/nkvy5-6x187
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集是幽门螺杆菌（Helicobacter pylori）菌株26695的冷冻电子显微镜断层扫描倾斜系列图像数据。数据采集于2013年11月24日，使用Caltech Polara显微镜，在单轴倾斜模式下获取，倾斜角度范围为-60.0°至60.0°，步长为1.0°，采用恒定的角度增量。数据包含了样品制备的详细信息，如细胞在特定微需氧条件下生长、Vitrobot制样参数等。原始数据中提到了与IV型分泌系统（cag T4SS）相关的颗粒。该数据集主要用于微生物结构生物学研究，特别是幽门螺杆菌的超微结构、大分子复合物（如分泌系统）的解析，为病原体致病机制和药物靶点发现提供结构基础。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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