MGYS00006114：EMG 生成的 PRJNA712972 数据集 TPA 宏基因组组装（PIGA 基因负责 GPI 锚生物合成：敲除导致肠道微生物组失调）
MGYS00006114 是一个由 EMG 产出、来自 ebi.ac.uk 的 TPA 宏基因组组装数据集，原始数据对应 PRJNA712972，主题涉及 PIGA 基因（该基因负责 GPI 锚生物合成）敲除后导致的肠道微生物失调，在本站归入“消化系统疾病 / 其他”类别
基本信息
资源简介
MGYS00006114：EMG 生成的 PRJNA712972 数据集 TPA 宏基因组组装（PIGA 基因负责 GPI 锚生物合成：敲除导致肠道微生物组失调）
MGYS00006114 是一个由 EMG 产出、来自 ebi.ac.uk 的 TPA 宏基因组组装数据集，原始数据对应 PRJNA712972，主题涉及 PIGA 基因（该基因负责 GPI 锚生物合成）敲除后导致的肠道微生物失调，在本站归入“消化系统疾病 / 其他”类别。
【数据集背景】
该数据集的核心背景围绕 PIGA 基因与 GPI 锚生物合成。PIGA 基因负责 GPI 锚生物合成；当该基因被敲除时，会引致 gut microbiome dysbiosis，即肠道微生物失调。数据集名称同时说明，它是一个 EMG 产出的 TPA 宏基因组组装，来源于 PRJNA712972 数据集。TPA 指 Third Party Annotation，即第三方注释组装；其基础是 primary whole genome shotgun（WGS）数据。该数据集被归入本站的消化系统疾病 / 其他分类，来源站为 ebi.ac.uk。除上述信息外，源站未提供更详细的疾病模型、实验设计或研究结论说明。
【数据内容】
该数据集提供的是 TPA 宏基因组组装结果，由 EMG 产出，来源于 PRJNA712972 的原始全基因组鸟枪法数据。组装过程使用 metaSPAdes v3.15.3 完成。数据集名称中包含 PIGA 基因、GPI 锚生物合成以及敲除导致肠道微生物失调等主题信息。项目包含的样本来自以下生物群系：root:Host-associated:Mammals:Gastrointestinal tract:Intestine:Fecal，即宿主相关的哺乳动物胃肠道肠道粪便样本。除以上内容外，源站未提供序列条数、组装长度、基因注释数量、样本数量或其它统计指标。
【采集与来源】
数据来源站为 ebi.ac.uk。原始 primary whole genome shotgun 数据集编号为 PRJNA712972，TPA 组装由该原始数据集衍生而来。样本所属生物群系为 root:Host-associated:Mammals:Gastrointestinal tract:Intestine:Fecal，说明相关样本与哺乳动物胃肠道肠道及粪便环境有关。数据集英文名中还提到 PIGA 基因负责 GPI 锚生物合成，以及该基因敲除导致肠道微生物失调。关于采样地点、采样时间、宿主具体物种、个体数量、伦理审批或原始样本处理流程，源站未提供。
【适用场景】
源站未提供明确的适用场景说明。从数据集名称和来源描述所涉及的主题看，其内容与 PIGA 基因、GPI 锚生物合成、基因敲除导致的肠道微生物失调、粪便肠道宏基因组以及 TPA 组装相关。除此之外，源站未提供关于适用研究类型、分析目标或推荐用途的进一步信息。
【使用方法】
源站未提供具体使用方法。已知该 TPA 组装使用 metaSPAdes v3.15.3 完成，来源于 PRJNA712972 的 primary whole genome shotgun 数据。关于如何下载、访问、解压、比对、注释、可视化或进行下游统计，源站未提供操作说明或流程建议。
【质量与限制】
源站未提供质量评估信息，也未提供限制说明。现有信息仅能确认该数据为 TPA 宏基因组组装，来源于 PRJNA712972 的原始全基因组鸟枪法数据，并使用 metaSPAdes v3.15.3 组装。关于组装完整性、污染水平、覆盖深度、嵌合序列比例、注释可靠性、样本代表性或潜在偏差，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用格式与许可条款。数据集来自 ebi.ac.uk，英文名称为 MGYS00006114: EMG produced TPA metagenomics assembly of PRJNA712972 data set (PIGA gene responsible for GPI anchor biosynthesis : knockout leads to gut microbiome dysbiosis)。关于如何引用、使用许可、再分发条件或商业使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/metagenomics/studies/MGYS00006114
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
第三方注释（TPA）组装源自原始全基因组鸟枪法（WGS）数据集PRJNA712972，并使用metaSPAdes v3.15.3进行组装。该项目包含来自以下生物群系的样本：根部：宿主相关：哺乳动物：胃肠道：肠道：粪便。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
