蝙蝠微生物群研究：直接与间接采样准确性数据
鉴于蝙蝠相关疾病在人类中反复暴发以及宏基因组测序的最新进展，蝙蝠的微生物群正日益受到研究。然而，直接从野生个体获取生物样本可能是一项挑战，因此有时会使用间接被动采样（不捕获蝙蝠）作为替代方法
基本信息
资源简介
蝙蝠微生物群研究：直接与间接采样准确性数据
该数据集围绕蝙蝠微生物群研究中的采样方法准确性问题展开，核心在于比较直接采样与间接被动采样在评估蝙蝠细菌群落时的表现。研究背景是蝙蝠相关疾病在人类中反复暴发，加之宏基因组测序技术的进步，使蝙蝠微生物群日益受到关注；但直接从野生个体获取生物样本存在现实困难，因此不捕获蝙蝠的间接被动采样常被用作替代方案。该数据集由 Dietrich, Muriel 与 Markotter, Wanda 提供，机构为 Dryad，发布时间为 2019 年，采用 Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可，来源站为 doi.org，本站分类归入消化系统疾病 / 其他。整体而言，该数据集服务于对蝙蝠微生物群采样方法准确性的比较研究，尤其关注直接采样与间接采样所反映的细菌群落差异。
【数据集背景】
鉴于蝙蝠相关疾病在人类中反复暴发以及宏基因组测序的最新进展，蝙蝠的微生物群正日益受到研究。然而，直接从野生个体获取生物样本可能是一项挑战，因此有时会使用间接被动采样（不捕获蝙蝠）作为替代方法。目前尚不清楚通过这种方法评估的细菌群落是否能准确代表蝙蝠的微生物群。该研究正是为比较直接采样（基于蝙蝠捕获与处理）和间接采样（在蝙蝠群落下方收集蝙蝠排泄物）在评估蝙蝠细菌群落方面的表现而设计。
【数据内容】
该数据集涉及对埃及果蝠（Rousettus aegyptiacus）尿液和粪便样本进行高通量 16S rRNA 测序，这是一种穴居果蝠物种。研究通过上述测序手段，比较直接采样与间接采样所获得的细菌群落，并发现了生态位特化的证据。数据集英文名为 Data from: Studying the microbiota of bats: accuracy of direct and indirect samplings。本站分类为消化系统疾病 / 其他。源站描述在此处中断于“we found evidence of niche specialization amon”，未提供后续完整内容。
【采集与来源】
数据来源站为 doi.org，机构为 Dryad，作者为 Dietrich, Muriel 与 Markotter, Wanda，发布时间为 2019 年。研究涉及直接采样与间接采样两种方式：直接采样基于蝙蝠捕获与处理；间接采样则不捕获蝙蝠，而是在蝙蝠群落下方收集蝙蝠的排泄物。样本类型包括尿液和粪便，研究对象为埃及果蝠（Rousettus aegyptiacus），一种穴居果蝠物种。关于采样地点、时间跨度、样本量、具体捕获或收集流程等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于关注蝙蝠微生物群评估方法准确性的研究场景，尤其是需要比较直接采样与间接被动采样结果差异的分析。由于涉及高通量 16S rRNA 测序，也可用于细菌群落结构、生态位特化等微生物生态学方向的探索。本站分类将其归入消化系统疾病 / 其他，因此也可能与消化系统相关的微生物研究存在关联。但具体适用场景的边界、可迁移的研究问题以及是否适合临床或公共卫生决策，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据格式、文件组织方式、测序数据处理流程、分析工具或代码等均未在已有信息中说明。使用者需依据来源站 doi.org 及 Dryad 机构页面进一步获取相关材料。由于许可为 Creative Commons Zero v1.0 Universal，通常允许在公共领域范围内使用，但具体使用条件仍应以许可原文为准。
【质量与限制】
该研究基于高通量 16S rRNA 测序，对埃及果蝠的尿液和粪便样本进行比较，并报告了生态位特化的证据。然而，源站描述在关键结论处中断，未提供完整的发现表述。此外，关于样本量、测序深度、对照设置、统计方法、潜在偏差以及间接采样能否准确代表蝙蝠微生物群的确切结论，源站未提供。因此，无法依据现有信息对该数据集的质量与限制做出完整评估。
【引用与许可】
作者为 Dietrich, Muriel 与 Markotter, Wanda，机构为 Dryad，发布时间为 2019 年，来源站为 doi.org。许可为 Creative Commons Zero v1.0 Universal。引用时应依据来源站提供的正式引用信息，具体引用格式、DOI 编号以及数据版本等细节，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5061/dryad.k2v2006
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 185.9 MB。
数据说明
鉴于蝙蝠相关疾病在人类中反复暴发，以及宏基因组测序技术的最新进展，蝙蝠微生物群正日益受到研究。然而，直接从野生个体获取生物样本可能面临挑战，因此，间接被动采样（无需捕捉蝙蝠）有时被用作替代方法。目前尚不清楚采用此方法评估的细菌群落是否能准确反映蝙蝠微生物群。本研究旨在比较直接采样（基于蝙蝠捕捉与处理）与间接采样（在蝙蝠群落下方收集蝙蝠排泄物）在评估蝙蝠细菌群落中的应用。通过对洞穴栖息果蝠物种——埃及果蝠的尿液和粪便样本进行高通量16S rRNA测序，我们发现了不同排泄物样本间存在生态位特化的证据，这一现象与采样方法无关。然而，采样方法影响了尿液和粪便微生物群的α多样性和β多样性。
特别是，当采用直接采样时，观察到尿液和粪便样本之间的α多样性增加且组成重叠更多，这表明直接从手中采集蝙蝠样本时可能发生交叉污染。相反，洞穴中的间接采样结果可能因环境污染而产生偏差。我们的方法学比较表明，采样方法对蝙蝠相关微生物群有一定影响，但两种方法都能捕捉到排泄物样本间的差异。对这些技术的评估为更多使用间接采样以探索蝙蝠微生物群落动态开辟了途径。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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