数据来源：泛宿主弯曲杆菌菌株的快速宿主转换削弱人类感染溯源信号

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.4428s

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 527.0 MB。

数据说明

空肠弯曲菌（Campylobacter jejuni）和结肠弯曲菌（Campylobacter coli）是发达国家细菌性胃肠炎的最大病因，人类感染通常源于与受感染肉类相关的动物源性传播。由于一般认为弯曲菌在肠道外难以存活，与宿主相关的种群在不同程度上存在遗传隔离。因此，大多数菌株的可能来源可通过基因组中与宿主相关的变异来确定。这对于表征人类感染来源具有指导意义。然而，一些常见菌株，尤其是属于 ST-21、ST-45 和 ST-828 克隆复合体的分离株，似乎具有广泛的宿主范围，从而妨碍了来源归因。在此，全基因组测序有潜力揭示与宿主特异性相关的精细遗传结构。我们发现，在这些克隆复合体中，动物宿主物种之间的动物源性传播率如此之高，以致宿主关联信号几乎被完全抹去，估计在 ST-21、ST-45 和 ST828 复合体中分别每 1.6 年、1.8 年和 12 年发生一次动物源性传播事件。我们将 89% 的临床病例归因于鸡源，10% 归因于牛，1% 归因于猪。我们的结果表明，感染人类的常见空肠弯曲菌和结肠弯曲菌菌株已适应泛化生活方式，从而能够在不同宿主之间快速传播。此外，这些结果还表明，这些复合体内宿主关联的微弱信号为精确确定临床感染来源带来了挑战，突出了这样一种观点：全基因组测序虽然强大，但不能替代对疑似传播储存库进行密集采样。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。