Name: CVID患者肠道菌群与代谢组补充数据表2
Creator: 千方医数集科研发现管道
License: CC BY 4.0

基本信息

模态

医学影像

大小

0.000015568 GB

任务类型

分类

许可

CC BY 4.0

创建/更新时间

2023-06-11

版本

v1

资源简介

CVID患者肠道菌群与代谢组补充数据表2

Table_2_Patients With Common Variable Immunodeficiency (CVID) Show Higher Gut Bacterial Diversity and Levels of Low-Abundance Genes Than the Healthy Housemates.xlsx

该数据为一项关于常见变异型免疫缺陷病（CVID）患者肠道微生物组与代谢组研究的补充表格文件，来源于figshare，包含1个xlsx文件。研究分析了6名无胃肠症状的CVID患者及其健康室友的粪便微生物分类与功能宏基因组及粪便代谢组，发现CVID患者肠道细菌物种数更高、34个物种丰度改变，Hungatella hathewayi在患者中常见而对照中缺失，宏基因组富集低丰度基因，代谢组显示代谢失调。数据可用于探索CVID相关肠道菌群与代谢特征（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。

【数据集背景】

配套论文《Bacterial but Not Fungal Gut Microbiota Alterations Are Associated With Common Variable Immunodeficiency (CVID) Phenotype》发表于 Frontiers in Immunology（2019），DOI：10.3389/fimmu.2019.01914。源站首次发布：2021-05-14。

【数据内容】

源站描述（机器翻译，仅供参考）：常见变异型免疫缺陷病（CVID）是一种临床和遗传异质性疾病，表现为抗体应答不足和免疫球蛋白（包括参与维持肠道稳态的IgA）水平低下。本研究分析了一组6名无胃肠症状的CVID患者及其健康室友的粪便微生物群分类与功能宏基因组以及粪便代谢组。CVID患者的粪便微生物组含有更多细菌物种，并有34个物种的丰度改变。Hungatella hathewayi在CVID微生物组中频繁出现，而在对照中缺失。此外，CVID宏基因组富集了可能编码非必需功能的低丰度基因，如细菌运动和芳香族化合物代谢。代谢组学揭示了若干代谢的失调

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个，合计 15.57 KB。数据集 DOI：10.3389/fimmu.2021.671239.s004。

【主题与分类】

源站学科分类：Transplantation Immunology、Tumour Immunology、Immunology not elsewhere classified、Immunology、Veterinary Immunology、Animal Immunology。主题标签：common variable immunodeficiency、CVID、microbiome、metagenome、metabolome、Hungatella hathewayi。本站分类：消化系统疾病。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Transplantation Immunology、Tumour Immunology、Immunology not elsewhere classified、Immunology、Veterinary Immunology、Animal Immunology。

【获取与许可】

源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_2_Patients_With_Common_Variable_Immunodeficiency_CVID_Show_Higher_Gut_Bacterial_Diversity_and_Levels_of_Low-Abundance_Genes_Than_the_Healthy_Housemates_xlsx/14594973

使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。

规范引用：Bosák, Juraj; Lexa, Matej; Fiedorová, Kristýna; Gadara, Darshak C.; Micenková, Lenka; Spacil, Zdenek; et al. (2021). Table_2_Patients With Common Variable Immunodeficiency (CVID) Show Higher Gut Bacterial Diversity and Levels of Low-Abundance Genes Than the Healthy Housemates.xlsx. Frontiers. Datase…

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-06-11，引用时请注意版本时效。

原始链接

https://figshare.com/articles/dataset/Table_2_Patients_With_Common_Variable_Immunodeficiency_CVID_Show_Higher_Gut_Bacterial_Diversity_and_Levels_of_Low-Abundance_Genes_Than_the_Healthy_Housemates_xlsx/14594973/1

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使用方式

数据集获取（Figshare）

源站标题：Table_2_Patients With Common Variable Immunodeficiency (CVID) Show Higher Gut Bacterial Diversity and Levels of Low-Abundance Genes Than the Healthy Housemates.xlsx
DOI：10.3389/fimmu.2021.671239.s004
发布日期：2021-05-14
文件数：1 个
文件总体积：15.57 KB
源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_2_Patients_With_Common_Variable_Immunodeficiency_CVID_Show_Higher_Gut_Bacterial_Diversity_and_Levels_of_Low-Abundance_Genes_Than_the_Healthy_Housemates_xlsx/14594973

命令行下载

curl -L -o "Table_2_Patients With Common Variable Immunodeficiency (CVID) Show Higher Gut Bacterial Diversity and Levels of Low-Abundance Genes Than the Healthy H.xlsx" "https://ndownloader.figshare.com/files/28007229"

文件清单

Table_2_Patients With Common Variable Immunodeficiency (CVID) Show Higher Gut Bacterial Diversity and Levels of Low-Abundance Genes Than the Healthy H.xlsx（15.57 KB）

文件总体积 15.57 KB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

普通变异型免疫缺陷病（CVID）是一种临床和遗传异质性疾病，表现为抗体应答不足以及免疫球蛋白水平低下，包括参与维持肠道稳态的IgA。本研究分析了一个由6例无胃肠症状的CVID患者及其健康室友组成的队列的粪便微生物群分类学和功能宏基因组以及粪便代谢组。CVID患者的粪便微生物组中细菌物种数量更多，并有34个物种的丰度发生改变。Hungatella hathewayi在CVID微生物组中频繁出现，而在对照中缺失。此外，CVID宏基因组中低丰度基因富集，这些基因可能编码非必需功能，如细菌运动和芳香族化合物代谢。代谢组学揭示了若干代谢通路的失调，主要与CVID患者腺苷水平降低相关。所识别的特征在具有不同免疫学特征、治疗时长和年龄的患者中均与CVID诊断一致相关。

综上所述，这项初步研究揭示了在宿主免疫缺陷状态下细菌多样性的增加，并提示了几种细菌种类和代谢物，它们在未来有潜力成为CVID的诊断和/或预后标志物。