GSE176189：整合单细胞与空间转录组分析鉴定胆道闭锁致病胆管细胞生态位及TNFRSF12A治疗靶点

资源简介

GSE176189：整合单细胞与空间转录组分析鉴定胆道闭锁致病胆管细胞生态位及TNFRSF12A治疗靶点

GSE176189 是一个围绕胆道闭锁展开的转录组学研究数据集，其英文全称为“Integrative single-cell and spatial transcriptomic analyses identify a pathogenic cholangiocyte niche and TNFRSF12A as therapeutic target for biliary atresia”。该数据集整合了单细胞转录组与空间转录组两类分析手段，旨在鉴定胆道闭锁中致病的胆管细胞生态位，并将 TNFRSF12A 识别为潜在的治疗靶点。从疾病分类角度看，该数据集归属于消化系统疾病下的胆道闭锁方向，来源站为 usebiotransfer.org。其主题标签涵盖胆道闭锁、单细胞转录组、空间转录组、胆管细胞、TNFRSF12A 以及消化系统疾病，整体定位是服务于胆道闭锁发病机制与靶点发现研究的高通量转录组数据资源。

【数据集背景】

胆道闭锁是一种累及消化系统的胆道疾病，其发病机制涉及胆管细胞相关的病理过程。GSE176189 的设立正是为了在单细胞与空间层面解析这一疾病中胆管细胞所处的微环境及其致病特征。该数据集所对应的研究以“整合单细胞与空间转录组分析”为核心策略，试图回答致病性胆管细胞生态位如何构成，以及其中是否存在可供干预的分子靶点。TNFRSF12A 作为该研究识别出的治疗靶点，构成了数据集在转化医学方向上的关键落点。数据集被归入消化系统疾病 / 胆道闭锁分类，说明其面向的是胆道闭锁这一特定疾病领域的研究需求。

【数据内容】

该数据集的核心内容由单细胞转录组与空间转录组两类数据构成。单细胞转录组用于在单个细胞分辨率上刻画胆道闭锁样本中的细胞组成与转录状态，空间转录组则用于在组织空间位置上还原细胞类型与基因表达的分布关系。二者整合后，用于鉴定致病胆管细胞生态位，并支持将 TNFRSF12A 作为治疗靶点的分析结论。数据集的主题标签进一步明确了其内容维度：胆道闭锁、单细胞转录组、空间转录组、胆管细胞、TNFRSF12A、消化系统疾病。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、基因数目、细胞数目等具体数据规模与参数。

【采集与来源】

该数据集来源于 usebiotransfer.org。源站对其的描述与数据集英文名一致，即“GSE176189: Integrative single-cell and spatial transcriptomic analyses identify a pathogenic cholangiocyte niche and TNFRSF12A as therapeutic target for biliary atresia”。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、供体信息以及具体的实验流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于胆道闭锁相关的机制研究与靶点探索。具体而言，可用于分析胆管细胞在胆道闭锁中的转录特征，识别致病性胆管细胞生态位，考察 TNFRSF12A 作为治疗靶点的潜在价值，以及开展单细胞转录组与空间转录组整合分析的方法学实践。其主题标签所覆盖的胆道闭锁、单细胞转录组、空间转录组、胆管细胞、TNFRSF12A 与消化系统疾病，也提示该数据集可服务于消化系统疾病领域内围绕胆道闭锁的转录组学研究。关于该数据集在其他具体场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 GSE176189 为标识，可通过来源站 usebiotransfer.org 获取。使用时可围绕单细胞转录组与空间转录组两类数据展开整合分析，以复现或拓展对致病胆管细胞生态位及 TNFRSF12A 靶点的研究。关于具体的下载方式、文件格式、分析流程、软件工具与参数设置，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的主题与来源已明确，但关于数据质量指标、批次效应、样本量、覆盖度、验证实验等质量相关信息，源站未提供。其限制方面，源站未提供具体说明。使用者需注意，该数据集所涉及的治疗靶点结论来自其对应研究，源站未提供独立的验证信息。

【引用与许可】

该数据集的英文名称为“GSE176189: Integrative single-cell and spatial transcriptomic analyses identify a pathogenic cholangiocyte niche and TNFRSF12A as therapeutic target for biliary atresia”，来源站为 usebiotransfer.org。关于引用格式、许可协议、使用条款与数据共享政策，源站未提供。